Geboren in eine Tagalog-Familie der Arbeiterklasse in Tondo, damals ein Stadtteil des spanisch beherrschten Manila. Seine Eltern waren Santiago Bonifacio und Catalina de Castro, und frühe Entbehrungen prägten seinen ausgeprägten Sinn für soziale Ungerechtigkeit.

Nach dem Tod seiner Eltern half er, seine jüngeren Geschwister großzuziehen, und brach die formale Schulbildung früh ab. Er ernährte den Haushalt durch Kleingewerbe und Lohnarbeit und lernte Selbstständigkeit in der harten Kolonialökonomie Manilas.

Er betrieb Selbststudium, indem er spanische und übersetzte Werke las, darunter politische und historische Texte, die in Manila kursierten. Außerdem schloss er sich Gemeinschaftstheater- und Diskussionskreisen an und schärfte so seine Redekunst und sein Organisationstalent.

Bonifacio arbeitete als Bote, Schreiber und Lagerverwalter in Verbindung mit Manilas Handelshäusern. Die tägliche Erfahrung kolonialer Ungleichheit und unsicherer Arbeit vertiefte seine Solidarität mit Arbeiterinnen und Arbeitern sowie den städtischen Armen.

Er engagierte sich in José Rizals La Liga Filipina, die friedliche Reformen und bürgerschaftliche Einheit unter spanischer Herrschaft anstrebte. Rizals Verhaftung und Verbannung kurz darauf überzeugten Bonifacio, dass eine rein legale Reformpolitik nicht ausreichen würde.

Im Juli 1892 gründete er mit engen Gefährten den Katipunan als Geheimbund, der die Unabhängigkeit durch Revolution anstrebte. Mit Riten, verschlüsselten Dokumenten und lokalen Zellen breitete er sich still in Manila und den umliegenden Provinzen aus.

Er stieg zum Anführer des Katipunan als Supremo auf und lenkte Anwerbung, Disziplin und konspirative Kommunikation. Unter seiner Führung entwickelte die Organisation Räte, Aufnahmezeremonien und eine revolutionäre Pressekultur.

Er heiratete Gregoria de Jesus, später bekannt als die Lakambini des Katipunan, die Dokumente bewahrte und Nachrichten übermittelte. Ihre Partnerschaft stützte Kurierwege und die Logistik von Treffen in Manila und seinen Randgebieten.

Der Katipunan verbreitete Kalayaan, um Mitglieder zu inspirieren und Stärke über seine tatsächlichen Ressourcen hinaus zu demonstrieren. Autoren wie Emilio Jacinto prägten die Botschaft, während Bonifacio damit zu Einheit und Bereitschaft zum bewaffneten Kampf aufrief.

Im August 1896 entdeckte die spanische Kolonialpolizei Aktivitäten des Katipunan, was Verhaftungen und Razzien in Manila auslöste. Die Repression zwang Bonifacio und die Räte zu einer schnellen Entscheidung zwischen Flucht, Verbergen oder offenem Aufstand.

Revolutionäre versammelten sich am Rand von Manila und zerrissen symbolisch ihre Cedulas, um die spanische Autorität zurückzuweisen. Bonifacios Aufruf zum Aufstand markierte den öffentlichen Beginn der Philippinischen Revolution und gewann neue Anhänger.

Er half, die ersten Operationen in Gebieten wie San Juan del Monte zu leiten, wo schlecht bewaffnete Rebellen auf ausgebildete spanische Truppen trafen. Die frühen Rückschläge zeigten den Bedarf an Waffen, Koordination und regionaler Führung über Manila hinaus.

José Rizal wurde in Bagumbayan durch ein Erschießungskommando hingerichtet, was viele Filipinos erschütterte und die antikoloniale Stimmung verhärtete. Für Bonifacios Bewegung wurde die Hinrichtung zu einem mächtigen Symbol spanischer Unterdrückung und des Opfers.

Auf der Tejeros-Konvention stritten Fraktionen über die revolutionäre Autorität, während die Kräfte aus Cavite auf dem Schlachtfeld an Bedeutung gewannen. Bonifacio beanstandete Verfahren, die er als unfair ansah, während Emilio Aguinaldo als gewählter Präsident hervorging.

Bonifacio und seine Unterstützer unterzeichneten die Acta de Tejeros, um Unregelmäßigkeiten zu protestieren und das ursprüngliche Mandat des Katipunan zu verteidigen. Später versuchte er, Autorität außerhalb der Elite von Cavite zu organisieren, was die Spaltungen innerhalb der Revolution vertiefte.

Bonifacio und sein Bruder Procopio wurden nach einem Zusammenstoß von Truppen festgenommen, die der neuen revolutionären Regierung loyal waren. Berichte schilderten Verletzungen bei der Festnahme und zeigten, wie interne Machtkämpfe die Einigkeit gegen Spanien überlagerten.

Ein Militärtribunal unter der revolutionären Regierung warf Bonifacio vor, die Autorität zu untergraben. Verfahren und Urteil bleiben umstritten, da Verbündete argumentierten, der Prozess habe eher fraktionelle Politik als Gerechtigkeit widerspiegelt.

Bonifacio und Procopio wurden hingerichtet, nachdem das Urteil trotz Gnadengesuchen vollstreckt worden war. Sein Tod entfernte den Gründungsführer des Katipunan und hinterließ eine anhaltende Debatte über Legitimität, Märtyrertum und die Richtung der Revolution.