Er wurde als Sohn von Matthias Haydn, einem Wagner, und Maria Koller geboren, die im Haushalt des Grafen Harrach arbeitete. Die ausgeprägte Volksmusiktradition des Dorfes und die katholischen Bräuche hinterließen bleibende melodische und rhythmische Spuren in seinem späteren Stil.

Er zog in die nahe gelegene Stadt Hainburg, um beim Schulmeister und Chorleiter Johann Matthias Franck zu leben. Dort lernte er Gesang, Violine und grundlegende Theorie, erlebte jedoch auch strenge Disziplin und bescheidene Lebensverhältnisse.

Georg Reutter, Kapellmeister des Stephansdoms, holte ihn nach Wien zu einer erstklassigen Chorausbildung. Die liturgische Musik des Doms und die höfischen Zeremonien führten ihn in ein professionelles Musikleben im Zentrum der habsburgischen Kultur ein.

Nach dem Stimmbruch wurde er aus St. Stephan entlassen und geriet sofort in finanzielle Unsicherheit. Er hielt sich mit Unterricht, Gelegenheitsarbeiten und dem Komponieren über Wasser und machte aus der Not eine strenge, selbstgesteuerte Lehrzeit in Wiens Musikbetrieb.

Er unterstützte den italienischen Komponisten Nicola Porpora als Begleiter und Diener und erhielt dabei praktische Schulung in Gesang und Komposition. Haydn schrieb später Porpora zu, ihm „die wahren Grundlagen“ vermittelt zu haben, insbesondere in Melodie, Phrasierung und vokalem Satz.

Er wurde Kapellmeister des Grafen Karl Joseph Morzin, leitete ein Ensemble und schrieb neue Instrumentalwerke. Die für Morzin entstandenen frühen Sinfonien halfen ihm, die Orchesterform zu schärfen und seinen Ruf über Wiens freiberufliche Kreise hinaus zu festigen.

Er heiratete Maria Anna Keller, die Schwester einer Frau, die er einst zu heiraten gehofft hatte, in einer Verbindung, die sich als unglücklich und kinderlos erwies. Die Unvereinbarkeit ließ ihn die Arbeit als Zuflucht suchen und vertiefte seinen Fokus auf Komposition und Hofpflichten.

Er trat in den wohlhabenden Esterházy-Haushalt unter Fürst Paul Anton und dem älteren Kapellmeister Gregor Werner ein. Die Anstellung bot ein stabiles Einkommen, ein Hausorchester und ständige Aufführungsanforderungen, die rasches Wachstum und Experimentieren erzwangen.

Nach Werners Tod übernahm Haydn die volle musikalische Leitung unter Fürst Nikolaus Esterházy, der prunkvolle Hofunterhaltung bevorzugte. Er komponierte Opern, Sinfonien, Kammermusik und geistliche Werke und führte damit faktisch eine bedeutende Musikinstitution.

Die Sinfonie Nr. 45, die „Abschiedssinfonie“, endet damit, dass die Musiker nach und nach die Bühne verlassen, um den Wunsch des Orchesters zu signalisieren, von Esterháza nach Hause zurückzukehren. Die Geste verband Witz mit Diplomatie und zeigte, wie er musikalisches Theater nutzte, um aristokratische Machtverhältnisse zu navigieren.

Seine Streichquartette op. 33 wurden als in einer „ganz neuen und besonderen Art“ geschrieben beworben und betonten dialogische Texturen und Überraschungen. Sie wurden zum Vorbild der Kammermusik in ganz Europa und beeinflussten das Formdenken jüngerer Komponisten.

In Wien musizierten Haydn und Wolfgang Amadeus Mozart gemeinsam Kammermusik und tauschten künstlerische Bewunderung aus. Mozart widmete ihm sechs „Haydn-Quartette“, und Haydn pries Mozarts Genie gegenüber Leopold Mozart mit ungewöhnlicher Herzlichkeit.

Als Fürst Nikolaus starb, verkleinerte sein Nachfolger den Hofmusikbetrieb und machte Haydn für Reisen frei. Der Impresario Johann Peter Salomon lud ihn nach London ein, was ein lukratives internationales Kapitel und ein breiteres öffentliches Publikum eröffnete.

In London leitete er Konzerte in den Hanover Square Rooms und wurde unter englischen Förderern und Kritikern zur Berühmtheit. Der lebendige Konzertmarkt belohnte kühne Orchesterarbeit, und er begann jene Sinfonien, die später als das „Londoner“ Set zusammengefasst wurden.

Oxford verlieh ihm den Doktor der Musik und erkannte damit seinen Einfluss auf das europäische Musikleben an. Die Auszeichnung spiegelte wider, wie sehr seine Sinfonien und Kammerwerke zum Kern der öffentlichen Konzertkultur geworden waren, weit über aristokratische Höfe hinaus.

Bei seiner Rückkehr nach England erhielt er hohe Honorare und begeisterte Zuhörer, während er einige seiner großartigsten Orchesterwerke komponierte. Die Erfahrung schärfte sein Gespür für Drama und Maßstab und mündete in Sinfonien, die für große öffentliche Säle konzipiert waren.

Er schrieb „Gott erhalte Franz den Kaiser“ für Kaiser Franz II. und verband Musik mit habsburgischem Patriotismus in Zeiten revolutionärer Unruhe. Die Melodie wurde später als Weise des „Deutschlandliedes“ bekannt und erhielt so ein langes politisches Nachleben.

Angeregt durch große englische Chortraditionen brachte er „Die Schöpfung“ mit großem Beifall bei Wiens Aristokratie und Publikum zur Uraufführung. Die monumentalen Chöre und die plastische Wortmalerei etablierten ihn als Meister des geistlichen Dramas im großen Format.

Sein Oratorium „Die Jahreszeiten“, nach einem Gedicht von James Thomson, weitete pastorale Themen zu einer komplexen musikalischen Erzählung aus. In dieser Zeit begannen Gesundheit und Kräfte nachzulassen, was seine Kompositionsfähigkeit allmählich einschränkte.

Er starb, als französische Truppen Wien besetzten, ein düsterer Hintergrund für das Ende eines Komponisten, der mit der alten imperialen Ordnung verbunden wurde. Verehrer ehrten ihn als Begründer der Klassik, und seine Musik prägte das Konzertleben in ganz Europa weiter.