Er wurde als Sohn von Minamoto no Yoritomo und Hojo Masako geboren und verband damit die Machtblöcke der Minamoto und der Hojo. Seine Geburt fiel in die Phase, in der das Kamakura-Shogunat um die Kriegerregierung in Kamakura konsolidiert wurde.

Der Tod Minamoto no Yoritomos löste Nachfolgespannungen aus und stärkte die Regentschaft der Familie Hojo unter Hojo Tokimasa und Hojo Masako. Der junge Sanetomo wuchs inmitten von Fraktionsrivalitäten innerhalb der herrschenden Elite Kamakuras auf.

Nachdem Minamoto no Yoriie aus dem Amt gedrängt worden war, sicherten die Hojo ihre Kontrolle, indem sie Sanetomo als dritten Shogun einsetzten. Die tatsächliche Autorität lag bei den Regenten, insbesondere Hojo Tokimasa, während Sanetomo zum symbolischen Kopf der Regierung wurde.

Sanetomo wurden Hofrang und Titel verliehen, die die Kriegerherrschaft Kamakuras an die kaiserliche Rangordnung Kyotos banden. Diese Auszeichnungen stärkten seinen öffentlichen Status, auch wenn Hojo-Beamte die tägliche Verwaltung in Kamakura führten.

Ein politischer Umsturz entfernte Hojo Tokimasa, und die Macht ging auf Hojo Yoshitoki über, gestützt durch die entscheidende Unterstützung Hojo Masakos. Der Wandel verringerte innere Instabilität, bestätigte aber, dass Sanetomos Herrschaft durch die Führung der Hojo begrenzt bleiben würde.

Sanetomo widmete sich der Waka-Dichtung und suchte die Verfeinerung, die mit Kyotos Aristokratie verbunden war, statt rein militärisches Ansehen. Er knüpfte Verbindungen zur Hofkultur und erlernte poetische Konventionen, die später seinen Ruf stärker prägten als seine Regierungsführung.

Er studierte bei Fujiwara no Teika und tauschte Gedichte mit ihm aus, einem der einflussreichsten Waka-Dichter und Herausgeber Japans. Diese Beziehung verband den Shogun von Kamakura mit Kyotos literarischer Elite und half, Sanetomos Gedichte in angesehenen Überlieferungslinien zu bewahren.

Sanetomo strebte Beförderungen am Hof und zeremonielle Anerkennung an, um das Prestige der Minamoto zu stabilisieren. Durch die Anlehnung an die Institutionen Kyotos suchte er Autorität jenseits der Hojo-Regenten, auch wenn die praktische Macht weiterhin beim Rat in Kamakura lag.

Mit der Verleihung erhöhter Hoftitel trat Sanetomo zunehmend als kultivierter Herrscher auf, der sowohl kriegerische als auch aristokratische Ideale verkörperte. Der Gegensatz zwischen seinem geschliffenen Auftreten und seiner begrenzten Exekutivgewalt wurde zu einem prägenden Merkmal seiner Regierungszeit.

Er unterstützte bedeutende religiöse Stätten, um seine Legitimität bei Kriegern und lokalen Eliten zu festigen, darunter Zeremonien im Zusammenhang mit der Hachiman-Verehrung. Diese Förderung spiegelte zudem höfische Praxis in Kyoto wider und drückte Frömmigkeit sowie politische Kontinuität durch Ritual aus.

Fraktionskonflikte unter den Vasallen und den mit den Hojo verbundenen Kräften stellten die Stabilität des Shogunats auf die Probe und führten zu strengerer Aufsicht durch die Regentschaft. Sanetomo blieb öffentlich zentral, doch Entscheidungen wurden zunehmend durch Hojo Yoshitoki und seine Berater gefiltert.

Seine späteren Gedichte verbanden häufig höfische Eleganz mit der Einsamkeit eines Herrschers, der durch Umstände gebunden war. Die Themen wirkten nach, weil sie aus dem Inneren der Machtordnung Kamakuras geschrieben wurden und zugleich zu Kyotos ästhetischen Idealen hinübergriffen.

Da die Linie der Minamoto geschwächt war, wurde die Nachfolge zu einer drängenden Frage, und Sanetomo prüfte Optionen, die die Kooperation der Hojo erforderten. Die Unsicherheit erhöhte die politischen Einsätze sowohl für die Regenten Kamakuras als auch für rivalisierende Familien, die aus Kyoto beobachteten.

Sanetomos Werke zirkulierten in aristokratischen Netzwerken, die von den kritischen Maßstäben Fujiwara no Teikas geprägt waren. Mit der Zeit wurden sie zusammengestellt und als Werk eines ungewöhnlich literarischen Shoguns erinnert, wodurch seine Stimme über sein politisches Schicksal hinaus bewahrt blieb.

Sanetomo erreichte das hohe Amt des Ministers der Rechten, eine außergewöhnliche Ehre für einen Kriegerführer aus Kamakura. Die Beförderung zeigte seine Verbindungen nach Kyoto und verstärkte den Verdacht, dass Hofpolitik die shogunale Autorität umgestalten könnte.

Nach einer feierlichen Veranstaltung im Tsurugaoka-Hachimangu-Schrein wurde er von seinem Neffen Kugyo getötet, der in der Nähe des Schreinbezirks auf ihn lauerte. Der Mord beendete Sanetomos Leben und ließ die wichtigste shogunale Linie der Minamoto erlöschen.

Sanetomos Tod zwang Kamakura dazu, repräsentative Shogune außerhalb der Blutlinie der Minamoto zu suchen, wodurch das von Regenten geführte System der Hojo gestärkt wurde. Die Folgen formten die Regierungsweise neu, sodass der Shogun zunehmend ein zeremonieller Drehpunkt statt ein herrschender Befehlshaber war.