Als Sohn von Minamoto no Tameyoshi wurde Yoshitomo in ein Kriegerhaus hineingeboren, das mit der kaiserlichen Seiwa-Abstammung verbunden war. In der auf Kyoto ausgerichteten Heian-Welt verlieh eine solche Herkunft Ansehen, doch wirklicher Einfluss hing von militärischem Dienst und Bündnissen am Hof ab.

In jungen Jahren prägten ihn berittenes Bogenschießen, Hausdisziplin und die Erwartungen einer aufsteigenden Kriegerelite. Das Schicksal der Minamoto hing davon ab, in den Provinzen Ordnung durchzusetzen und zugleich die Politik der Hauptstadtaristokratie zu meistern.

Yoshitomo baute seinen Ruf durch Feldzüge und Ordnungsaufgaben in der Kantō-Region aus, wo lokale Familien Führung an Ergebnissen maßen. Diese Jahre schufen Netzwerke, die den Minamoto später selbst nach einer Niederlage in Kyoto das Überleben ermöglichten.

Er suchte Patronage bei Hofadligen und abgedankten Kaisern, denn Ernennungen konnten provinzieller Macht Legitimität verleihen. Die Minamoto konkurrierten mit den Taira um Aufträge, Belohnungen und Zugang zum kaiserlichen Zentrum in Kyoto.

Während des Hōgen-Aufstands kämpfte Yoshitomo in dem gewaltsamen Ringen zwischen dem abgedankten Kaiser Sutoku und den Unterstützern Kaiser Go-Shirakawas. Er stellte sich auf die Seite Go-Shirakawas und einflussreicher Adliger und half, den Konflikt mit Gewalt in den Straßen Kyotos zu entscheiden.

Nach dem Hōgen-Aufstand bestraften die Sieger die rivalisierenden Anführer, und Tameyoshi stand auf der Verliererseite. Yoshitomos Anpassung an die neue Ordnung, einschließlich der Abkehr von der Sache seines Vaters, wurde zu einem bleibenden Symbol harter politischer Notwendigkeit.

Nachdem ranghohe Rivalen ausgeschaltet waren, wurde Yoshitomo zum faktischen Führer des Minamoto-Clans. Seine neue Prominenz verschärfte jedoch auch die Spannungen mit Taira no Kiyomori, dessen Einfluss am Hof nach demselben Konflikt rasch wuchs.

Er strebte Ämter und Belohnungen an, die die Minamoto in Kyotos Patronagewirtschaft relevant halten sollten. Kiyomoris Familienverbindungen und höfische Gewandtheit übertrafen Yoshitomos Einfluss oft, was eine Rivalität vertiefte, die zur Gewalt zu kippen drohte.

Yoshitomo verbündete sich mit Persönlichkeiten wie Fujiwara no Nobuyori, die den wachsenden Einfluss der Taira auf Hofentscheidungen missbilligten. Ihre Koalition wollte mit Gewalt und Geiselpolitik die Führung in Kyoto zu ihren Gunsten umformen.

1159 schloss er sich Nobuyori bei einem Staatsstreich an, der wichtige Orte besetzte und die kaiserliche Regierung dominieren sollte. Der Plan setzte auf rasche Einschüchterung in der Hauptstadt und darauf, dass die Kontrolle über den Hof die breitere Stärke der Taira überwiegen würde.

Der Aufstand wurde brutal, als die Verschwörer gegen Gegner vorgingen und politische Gefolgschaft durch Angst erzwingen wollten. Die Gewalt verhärtete den Widerstand und lieferte Kiyomori einen Vorwand, mit einem entscheidenden Gegenangriff nach Kyoto zurückzukehren.

Kiyomori sammelte rasch loyale Truppen, eroberte die Hauptstadt zurück und zerschlug Yoshitomos Koalition. Die Niederlage zerstörte den Einfluss der Minamoto am Hof und zwang Yoshitomo zur Flucht, während die Taira ihre Kontrolle über Kyotos Politik festigten.

Nachdem Verbündete gefangen genommen und die Stadt verloren war, entkam Yoshitomo in Richtung Provinzen, um die unterstützenden Netzwerke in der Kantō zu erreichen. Die Reise zeigte, wie schnell sich das Glück in den auf Kyoto konzentrierten Machtkämpfen der Heian-Zeit wenden konnte.

Er wurde verraten, als er versuchte, sich bei lokalen Kontakten zu verstecken – ein häufiges Schicksal besiegter Anführer ohne sicheren Zufluchtsort. Die Autorität der Taira und Belohnungen für Informanten machten die Flucht schwierig, während die Reste des Aufstands gejagt wurden.

Yoshitomo wurde nach seiner Gefangennahme in der Nähe von Nomura getötet, womit die unmittelbare Herausforderung der Minamoto gegen die Taira in der Hauptstadt erlosch. Sein Tod hinterließ jedoch ein Vermächtnis, das von überlebenden Söhnen weitergetragen wurde, darunter Yoritomo, der später die Herrschaft der Taira stürzte.

Nach dem Aufstand wurden mehrere seiner Kinder hingerichtet, andere – am bekanntesten Minamoto no Yoritomo – wurden verschont und ins Exil geschickt. Diese Entscheidung, geprägt von Hofpolitik und Fürsprache, ermöglichte es dem Clan, später wieder aufzusteigen.