Nacido como Masuda Shiro Tokisada en una familia de devotos cristianos ocultos. Su padre, Masuda Yoshitsugu, era un antiguo samurái que había servido al daimyo cristiano Konishi Yukinaga. A pesar de la prohibición del cristianismo por los Tokugawa, su familia mantuvo secretamente su fe católica, criando al joven Shiro en las tradiciones ocultas de los Kakure Kirishitan.

Incluso siendo un niño pequeño, Shiro mostró una inteligencia notable y un carisma inusual que atraía a los adultos hacia él. Los cristianos locales comenzaron a notar lo que creían eran cualidades milagrosas: su elocuencia al hablar sobre la fe, su capacidad para recitar las Escrituras y una presencia espiritual que parecía más allá de sus años. Entre las comunidades cristianas ocultas comenzaron a circular rumores sobre la profecía de un niño divino.

Recibió instrucción religiosa clandestina de maestros cristianos ocultos y posiblemente de misioneros sobrevivientes que se habían ocultado después del inicio de la persecución. Aprendió oraciones en latín, doctrina católica y las historias de mártires cristianos que habían muerto por su fe en Japón. Esta educación resultaría crucial para su papel como líder espiritual.

Una profecía atribuida al misionero cristiano ejecutado Francisco había predicho que un joven divino aparecería para guiar a los cristianos. A medida que la reputación de sabiduría y piedad de Shiro crecía, los creyentes comenzaron a identificarlo como esta figura profetizada. Su nombre 'Shiro' (que significa 'cuarto hijo') parecía confirmar este destino divino, y se le conoció como 'Niño del Cielo' (Tendo).

El shogunato intensificó su persecución de los cristianos, implementando métodos de tortura incluyendo el infame 'tsurushi' (colgar boca abajo sobre fosos). Shiro fue testigo del sufrimiento de su comunidad mientras amigos y familiares eran ejecutados o forzados a apostatar. Estas experiencias profundizaron su determinación y fortalecieron su vínculo con el campesinado cristiano oprimido.

Mientras continuaba sus estudios religiosos, Shiro también recibió entrenamiento en artes marciales y estrategia militar de ronin (samuráis sin amo) que habían servido a daimyos cristianos antes de que la fe fuera prohibida. Estos antiguos guerreros vieron en él un líder potencial que podría unir a los fieles perseguidos. Aprendió esgrima, táctica y el arte de inspirar a los hombres.

Cuando la persecución y los impuestos pesados devastaron las comunidades campesinas cristianas, Shiro emergió como su principal líder espiritual. Sus sermones traían esperanza a los desesperados, y su presencia en reuniones secretas inspiraba a los fieles a mantener sus creencias. Antiguos samuráis y ancianos de la comunidad comenzaron a buscar la guía de este joven profeta en tiempos cada vez más desesperados.

Cuando los campesinos de Shimabara se rebelaron contra los impuestos aplastantes y la persecución religiosa en octubre de 1637, los líderes rebeldes eligieron unánimemente al joven Shiro de dieciséis años como su comandante supremo. A pesar de su juventud, su reputación como profeta divinamente elegido lo convirtió en el símbolo perfecto para unir a los insurgentes cristianos. Se le otorgó el título de 'Generalísimo' (Sodaisho).

En pocas semanas, Shiro había unido aproximadamente 37,000 rebeldes —hombres, mujeres y niños— bajo su mando. Esta fuerza incluía no solo campesinos sino también ronin, antiguos ashigaru (soldados de a pie) y artesanos. Ondeaban estandartes cristianos con cruces, la imagen de la Virgen María e inscripciones portuguesas. Era el mayor levantamiento que el shogunato Tokugawa había enfrentado.

Los rebeldes tomaron y fortificaron el abandonado Castillo Hara, transformándolo en su bastión. Bajo el liderazgo de Shiro, convirtieron la fortaleza en ruinas en una posición defensiva inexpugnable con vista al mar. El castillo se convirtió en un símbolo de la resistencia cristiana, con cruces exhibidas en sus muros y misas diarias celebradas en su interior. Shiro organizó la defensa con notable perspicacia militar para su edad.

Cuando el primer ejército del shogunato de 30,000 soldados atacó el Castillo Hara, los rebeldes bajo el mando de Shiro los rechazaron exitosamente. Las fuerzas gubernamentales sufrieron más de 4,000 bajas, incluyendo varios comandantes de alto rango. Esta asombrosa victoria contra fuerzas samurái profesionales pareció confirmar la protección divina de Shiro e inspiró a sus seguidores a creer que Dios estaba verdaderamente de su lado.

El shogunato reforzó su ejército a más de 125,000 soldados y comenzó un brutal asedio. Cortados de suministros, los rebeldes enfrentaron la hambruna. Sin embargo, bajo el liderazgo espiritual de Shiro, mantuvieron su fe y resistencia. Dirigió oraciones, pronunció sermones y animó a su pueblo a resistir, prometiéndoles la salvación eterna. Se dice que incluso los comandantes del shogunato admiraban el coraje del joven profeta.

En una decisión controvertida, el shogunato solicitó apoyo naval holandés. Los holandeses protestantes, buscando eliminar la competencia católica, bombardearon el Castillo Hara desde el mar. Esta traición por parte de compañeros cristianos devastó la moral de los defensores. Se dice que Shiro rezó por las almas de sus enemigos mientras soportaba el bombardeo, manteniendo su fe a pesar de esta traición definitiva.

Después de tres meses de asedio, con la comida agotada y la munición terminada, los defensores hambrientos se prepararon para su última batalla. Shiro dirigió a sus seguidores restantes en una última oración, luego se preparó para el final. El shogunato lanzó su asalto final con fuerza abrumadora. Los rebeldes lucharon hasta el último, con casi todos los 37,000 hombres, mujeres y niños pereciendo en la masacre.

Amakusa Shiro fue capturado y decapitado por las fuerzas del shogunato. Su cabeza cortada fue exhibida en Nagasaki como advertencia para otros cristianos. Según la leyenda, permaneció calmado y en oración hasta el final, perdonando a sus verdugos y rezando por Japón. Su muerte a los dieciséis años puso fin a la Rebelión de Shimabara y marcó la supresión final del cristianismo abierto en Japón por más de dos siglos.