Né dans une famille tagalog de la classe ouvrière à Tondo, alors un district de Manille sous domination espagnole. Ses parents étaient Santiago Bonifacio et Catalina de Castro, et les difficultés précoces façonnèrent chez lui un sens aigu de l’injustice sociale.

Après la mort de ses parents, il aida à élever ses jeunes frères et sœurs et quitta tôt l’enseignement formel. Il fit vivre le foyer par du petit commerce et du travail salarié, apprenant l’autonomie dans l’économie coloniale rude de Manille.

Il poursuivit une formation personnelle en lisant des ouvrages en espagnol et des traductions, notamment des textes politiques et historiques circulant à Manille. Il rejoignit aussi le théâtre communautaire et des cercles de discussion, affinant sa prise de parole et ses instincts d’organisateur.

Bonifacio occupa des emplois de messager, de commis et de magasinier au sein de maisons commerciales de Manille. L’expérience quotidienne des inégalités coloniales et de la précarité du travail renforça sa sympathie pour les ouvriers et les pauvres des villes.

Il s’engagea dans La Liga Filipina de José Rizal, qui visait des réformes pacifiques et l’unité civique sous le régime espagnol. L’arrestation et l’exil de Rizal peu après convainquirent Bonifacio que la réforme légale, seule, n’aboutirait pas.

En juillet 1892, lui et ses proches compagnons fondèrent le Katipunan, une société secrète engagée pour l’indépendance par la révolution. Grâce à des rites, des documents codés et des cellules locales, il se propagea discrètement à Manille et dans les provinces voisines.

Il s’éleva à la tête du Katipunan en tant que Supremo, dirigeant le recrutement, la discipline et les communications clandestines. Sous sa direction, l’organisation développa des conseils, des rituels d’initiation et une culture de presse révolutionnaire.

Il épousa Gregoria de Jesus, plus tard connue comme la « Lakambini » du Katipunan, qui protégeait des documents et transmettait des messages. Leur partenariat soutint les itinéraires de messagers et la logistique des réunions à Manille et dans ses environs.

Le Katipunan diffusa Kalayaan pour inspirer ses membres et projeter une force supérieure à ses ressources réelles. Des auteurs comme Emilio Jacinto aidèrent à façonner le message, tandis que Bonifacio s’en servait pour appeler à l’unité et à la préparation à la lutte armée.

En août 1896, la police coloniale espagnole découvrit les activités du Katipunan, déclenchant arrestations et perquisitions à Manille. La répression força Bonifacio et les conseils à choisir rapidement entre la fuite, la dissimulation ou la révolte ouverte.

Des révolutionnaires se réunirent en périphérie de Manille et déchirèrent symboliquement leurs certificats d’identité pour rejeter l’autorité espagnole. L’appel de Bonifacio à l’insurrection marqua le début public de la Révolution philippine et rallia de nouvelles recrues.

Il contribua à diriger les premières opérations dans des zones telles que San Juan del Monte, où des insurgés mal armés affrontèrent des troupes espagnoles entraînées. Les revers initiaux révélèrent la nécessité d’armes, de coordination et d’un leadership régional au-delà de Manille.

José Rizal fut exécuté par peloton d’exécution à Bagumbayan, bouleversant de nombreux Philippins et durcissant le sentiment anticolonial. Pour le mouvement de Bonifacio, cette exécution devint un symbole puissant de répression espagnole et de sacrifice.

Lors de la Convention de Tejeros, des factions débattirent de l’autorité révolutionnaire tandis que les forces de Cavite gagnaient en importance sur le champ de bataille. Bonifacio contesta des procédures qu’il jugeait injustes, tandis qu’Emilio Aguinaldo émergea comme président élu.

Bonifacio et ses partisans signèrent l’Acta de Tejeros pour dénoncer des irrégularités et défendre le mandat originel du Katipunan. Il tenta ensuite d’organiser une autorité en dehors de l’élite de Cavite, aggravant les fractures au sein de la révolution.

Bonifacio et son frère Procopio furent saisis par des troupes loyales au nouveau gouvernement révolutionnaire après un affrontement. Des récits évoquèrent des blessures lors de l’arrestation, illustrant comment les luttes internes de pouvoir prirent le pas sur l’unité contre l’Espagne.

Un tribunal militaire réuni sous le gouvernement révolutionnaire accusa Bonifacio de saper l’autorité. La procédure et le verdict demeurent controversés, des alliés estimant que le procès reflétait davantage la politique de factions que la justice.

Bonifacio et Procopio furent exécutés, la sentence ayant été appliquée malgré des appels à la clémence. Sa mort élimina le fondateur du Katipunan, laissant un débat durable sur la légitimité, le martyre et l’orientation de la révolution.