하스몬 왕가와 연고가 있는 예루살렘 제사장 혈통에서 요세프 벤 마티탸후로 태어났다. 헤로데 왕조 아래 로마 유대의 긴장된 정치 환경 속에서 성장하며 성서, 율법, 언어에 대한 엘리트 교육을 받았다.

십대 시절 바리새파, 사두개파, 에세네파를 연구하며 토라 해석과 권위에 대한 관점을 비교했다. 또한 유대 광야 근처에서 사막의 은둔 수행자 바누스와 함께 지내며 엄격한 절제와 의식적 정결을 실천했다.

예루살렘의 교사들과 율법 해석자들 사이에서 영향력이 컸던 바리새파에 뜻을 같이했다. 이 선택은 전통, 율법, 도덕적 인과를 강조하는 그의 후일 문체와 역사 해석에 큰 영향을 주었다.

총독 펠릭스에게 구금된 유대 제사장들의 석방을 청원하기 위해 로마로 파견되었다. 그는 제국의 인맥과 후원 체계를 활용하며 로마의 권력, 법정, 후견 문화를 직접 경험했고, 이는 훗날 그의 역사 서술에 반영되었다.

로마에서 황제의 아내인 황후의 후원을 확보해 임무가 성공하도록 힘을 얻었다. 석방된 제사장들과 함께 돌아오며, 법리보다 개인적 영향력과 황실의 호의가 속주 민의 운명을 좌우할 수 있음을 배웠다.

유대로 돌아온 그는 과도한 세금 수탈과 지역 내 파벌 갈등이 누적된 끝에 로마 지배에 대한 반란이 폭발하는 것을 보았다. 예루살렘이 온건파와 강경파로 갈라지며, 그는 관찰자에서 급속히 확대되는 전쟁의 참여자로 옮겨갔다.

예루살렘의 혁명 당국은 북부 교통로를 장악하는 데 핵심인 갈릴리에서 방어를 조직하도록 그를 임명했다. 그는 도시를 요새화하고 경쟁하는 무장 집단 사이를 중재했으며, 유대 내부 분열 속에서 규율을 세우려 고투했다.

베스파시아누스와 그의 아들 티투스가 이끄는 로마군이 갈릴리에서의 치열한 원정 끝에 요타파타를 포위했다. 그는 포위전 동안 저항을 이끌었고, 이후 이 전투를 군사적 비극이자 유대에 대한 도덕적 전환점으로 묘사했다.

도시가 함락된 뒤 그는 붙잡혀 베스파시아누스 앞에 끌려갔고, 처형을 가까스로 피했다. 그는 베스파시아누스가 황제가 될 것이라는 예언을 전했다고 주장했으며, 훗날 로마 정치가 요동치면서 그 예언은 그를 보호하는 방패가 되었다.

혼란스러운 네 황제의 해에 베스파시아누스가 권력을 장악하며, 요세푸스의 earlier 예언은 인정받는 형태가 되었다. 그는 자유와 후원을 받고 플라비우스 가문의 이름을 받아들여, 지배 가문과 연결된 새로운 정체성을 드러냈다.

그는 티투스와 동행하며 통역을 맡아 예루살렘 수비대에게 항복해 도시를 보전하라고 설득했다. 훗날 그의 서술은 협상, 기근, 파벌 폭력을 기록하며, 성전 파괴를 유대 내부의 원인과 맞물린 민족적 대재앙으로 제시했다.

티투스의 정복 과정에서 성전이 파괴되며 제2성전기 유대교의 중심 제의 체계가 막을 내렸다. 그는 이후 불길, 약탈, 예루살렘의 종교·시민 중심이 무너지는 모습을 극적으로 묘사했다.

그는 로마로 옮겨 거처와 연금을 받았고, 플라비우스 궁정의 후원 아래 활동했다. 황실 주변에서 생활하며 전쟁 경험을 그리스어 역사서로 재구성하기 시작했고, 로마와 디아스포라의 교양 독자를 의식해 글을 다듬었다.

그는 66년부터 73년까지의 반란을 지도자, 전투, 예루살렘 함락을 중심으로 서술한 유대 전쟁사를 완성했다. 제국의 교양 독자를 위해, 목격자 증언과 함께 자신의 선택과 공동체를 변호하는 서술을 결합했다.

티투스가 사망한 뒤 도미티아누스가 통치했으며, 그는 로마에 남아 문필 활동과 후원 관계를 유지했다. 그의 글은 점차 적대적 편견을 바로잡고, 그리스-로마 학문 세계에서 유대의 고대성을 존중받을 만한 것으로 제시하는 데 초점을 맞추었다.

그는 창조에서 자신이 살던 시대에 이르기까지를 아우르는 방대한 유대 고대사를 마쳤고, 성서와 이전 기록들을 활용했다. 이 작업은 유대의 율법과 전통이 오래되고 합리적이며 문명 질서와 양립 가능하다는 점을 보여주려는 목적을 지녔다.

그는 갈릴리에서의 행적을 둘러싼 비난, 특히 티베리아스의 유스투스와 관련된 आरोप에 답하기 위해 자서전을 썼다. 회고록에 가까운 이 글은 연대기를 정리하고 지역 정치의 다툼을 반박하며, 내전적 혼란 속에서 마지못해 지휘관이 된 자신을 그려낸다.

그는 그리스-이집트 및 로마 지식인 사회에 퍼져 있던 반유대적 논설에 반박하는 변증서를 발표했다. 그는 유대 경전의 고대성과 전승의 신뢰성, 그리고 유대 율법의 윤리적 진지함을 논증했다.

그는 제국 통치 아래 그리스어로 글을 쓴 가장 영향력 있는 유대 역사가로서 수십 년을 보낸 뒤 로마에서 생을 마쳤다. 그의 저술은 제2성전기 유대교, 로마 유대 속주, 예루살렘 함락 이후의 정치적 여파를 이해하는 데 필수적인 자료가 되었다.