현재의 치바현에 해당하는 아와국의 어촌 고미나토에서 어부의 아들로 태어났다. 그의 낮은 출신은 후에 그가 종교 권위에 도전하는 열정에 영향을 미쳤다.

지역 사찰 세이초지에서 불교 수행을 시작했다. 이곳에서 처음으로 법화경과 불교 가르침을 접하며, 종교적 진리에 대한 평생의 탐구가 시작되었다.

세이초지에서 정식 승려로 득도하며 법명 젠쇼보 렌초를 받았다. 이후 일본 불교의 진정한 가르침을 찾기 위한 여정을 시작했다.

당시 일본의 정치적 수도인 가마쿠라로 유학을 떠나 여러 불교 종파를 연구했다. 선종, 정토종, 밀교 등을 배우며 각 종파의 가르침을 깊이 탐구했다.

천태종의 본산인 히에이산 엔랴쿠지에서 수학했다. 이곳에서 법화경에 대한 이해를 깊이 하고, 법화경이야말로 석가모니의 최고 가르침이라는 확신을 굳혔다.

세이초지 청징당에서 남묘호렌게쿄를 처음 창제하고, 법화경만이 유일한 진리의 길임을 선언했다. 이 순간 니치렌종이 창시되었고, 그는 스스로 니치렌(태양의 연꽃)이라 개명했다.

전 섭정 호조 도키요리에게 '입정안국론'을 제출하여 재난이 그릇된 불교 가르침에서 비롯된다고 주장했다. 정토종을 공격하고 막부에 법화경 채택을 촉구했으나, 오히려 박해의 빌미가 되었다.

당국의 분노로 이즈반도로 유배되었다. 열악한 환경 속에서도 굴하지 않고 가르침을 계속했으며, 약 2년 후 사면되어 가마쿠라로 돌아왔다.

정토종 신도들에게 습격당해 이마에 깊은 상처를 입고 팔이 부러지는 중상을 입었다. 동행한 제자 두 명이 목숨을 잃었으나, 니치렌은 간신히 목숨을 건졌다.

막부에 서한을 보내 외침이 임박했음을 경고했다. 같은 해 몽골의 쿠빌라이 칸이 일본에 항복을 요구하는 사신을 보내 그의 예언이 들어맞았고, 추종자들 사이에서 명성이 높아졌다.

막부에 의해 체포되어 다쓰노쿠치에서 처형될 뻔했다. 전설에 따르면 처형 직전 하늘에서 빛나는 구체가 나타나 집행인들을 놀라게 해 처형이 중단되었다. 니치렌은 이를 법화경의 가호로 여겼다.

처형 대신 황량한 사도섬으로 유배되어 거의 죽을 뻔한 고난을 겪었다. 열악한 환경 속에서도 '개목초'와 '관심본존초' 등 가장 중요한 저술들을 완성했다.

사도에서의 약 3년 유배를 마치고 가마쿠라로 돌아왔다. 몽골의 1차 침공이 있던 해로, 막부가 위기 속에서 그를 사면했다. 돌아온 후에도 계속 법화경 신앙을 전파했다.

막부가 조언을 거부하자 미노부산에 은거했다. 이곳에서 여생을 제자 양성과 저술에 바쳤으며, 미노부산은 후에 니치렌종의 총본산이 되었다.

건강 악화로 온천 치료를 위해 미노부를 떠났으나, 이케가미에서 병세가 악화되어 입적했다. 제자들에게 둘러싸인 채 조용히 눈을 감았으며, 그의 유해는 미노부산에 안치되었다.