상크리스토방 궁에서 페드루 지 알칸타라로 태어났으며, 황제 페드루 1세와 마리아 레오폴지나 대공비의 아들이었다. 그의 탄생은 포르투갈로부터의 독립 이후 아직 안정화 과정에 있던 젊은 제국에 왕조적 연속성을 보장했다.

정치적 위기 끝에 페드루 1세가 브라질 왕위를 내려놓고 유럽으로 떠나면서, 아들은 페드루 2세로 즉위했다. 섭정 정부가 그의 이름으로 국정을 운영했고, 궁정의 여러 파벌이 어린 군주의 장래 통치 방향을 두고 경쟁했다.

1834년 추가법은 제국의 행정 체계를 재편하여 페드루 2세의 미성년기 동안 각 주에 더 큰 행정 권한을 부여했다. 이는 소요를 진정시키려는 목적이었지만, 동시에 리우데자네이루의 중앙 권력이 가진 한계를 드러냈다.

가정교사와 정치 지도자들이 역사·수학·언어를 중시하는 금욕적인 교육과정을 설계해, 그의 평생 학구적 습관을 형성했다. 그는 포르투갈어에 능통해졌고 프랑스어·영어·독일어·라틴어를 공부하며 입헌주의의 이상을 흡수했다.

섭정기의 불안정이 계속되자 정치인들은 왕권 아래 질서와 정당성을 회복하기 위해 조기 성년 선포를 추진했다. 페드루 2세는 14세에 통치의 부담을 받아들여, 중앙집권적 제국 지도력의 새로운 국면을 알렸다.

황실 예배당에서 열린 페드루 2세의 대관식은 군주제의 종교적·입헌적 상징성을 확고히 했다. 이 의식은 지역 반란과 논쟁적 섭정 통치로 흔들렸던 권위를 공고히 하는 데 도움이 되었다.

그는 브라질의 국제적 위상을 강화하려는 왕조 동맹의 일환으로 테레사 크리스티나 마리아와 결혼했다. 정략결혼이었지만, 황후는 궁정과 자선 활동에서 안정적 존재가 되었다.

프라이에이라 반란은 전 세계적 격변의 물결 속에서 페르남부쿠의 자유주의적 불만과 지역 권력 다툼을 반영했다. 제국군은 반란을 진압해 중앙 국가의 권위를 강화했지만, 동시에 지방의 사회적 긴장을 드러냈다.

1850년 법은 영국의 압력과 국내 논쟁이 고조되는 가운데 대서양 횡단 노예무역 단속을 강화했다. 노예제 자체는 국내에서 계속되었지만, 이 조치는 제국 정책의 निर्ण적인 전환점이 되었다.

페드루 2세는 보수파와 자유파의 갈등을 줄이고 행정의 연속성을 확보하기 위해 초당적 협치를 장려했다. 이 접근은 헌정 절차와 내각 구성에서 발휘되는 황제의 조정 권한에 크게 의존했다.

지역 분쟁이 프란시스쿠 솔라누 로페스의 파라과이를 상대로 한 전쟁으로 확대되었고, 브라질은 아르헨티나와 우루과이와 동맹을 맺었다. 전쟁은 막대한 병력과 자원을 요구하며 군대의 정체성과 국가 정치 지형을 재편했다.

사상자가 늘면서 지휘권·징집·전비 조달을 둘러싼 논쟁이 제국 수도에서 격화되었다. 군대의 결속과 대중적 위상 증대는 훗날 공화주의 정서와 정치적 영향력 기대에 영향을 주었다.

자유출생법은 노예 여성에게서 태어난 아이를 자유인으로 규정해 노예제의 기반을 점진적으로 약화시켰다. 이 조치는 인도주의적 압력과 엘리트의 반발 사이에서 균형을 시도하며, 제국이 맞닥뜨린 도덕적·정치적 딜레마의 심화를 드러냈다.

페드루 2세는 박물관·대학교·과학계 인사들을 찾아다니며 브라질을 근대 국가로 알리고자 했다. 그는 지식인과 정치 지도자들과의 대화를 추구했으며, 교육과 기반시설에 관한 아이디어를 가지고 귀국했다.

그는 브라질 역사지리연구소 같은 기관을 지원하고 전신망 확장과 공교육을 장려했다. 궁정은 도서관과 학술 교류를 육성해 리우데자네이루를 국제 과학 네트워크와 연결했다.

사라이바 법은 직접선거와 새로운 유권자 규정을 도입해 정치 참여를 근대화하고 부정을 줄이려 했다. 그러나 개혁에도 불구하고 공화주의 클럽과 비판적 신문이 확산되며 군주제의 정당성을 흔들었다.

페드루 2세가 건강 문제로 해외에 머무는 동안, 섭정이던 딸 이사벨이 노예제를 종식시키는 황금법에 서명했다. 폐지는 오랜 도덕적 운동의 결실이었지만, 많은 노예 소유 엘리트의 반감을 사 제국의 정치적 고립을 가속했다.

1889년 11월 15일, 데오도루 다 폰세카 원수가 이끄는 군사 움직임이 공화정을 선포하며 황실을 축출했다. 페드루 2세는 절제된 태도로 망명을 받아들이고, 군주제가 급작스럽게 막을 내리는 가운데 리우데자네이루를 떠났다.

페드루 2세는 몰락한 제국을 되돌아보는 시간과 악화된 건강 속에서, 브라질을 떠난 망명지에서 생을 마감했다. 국경을 넘어 많은 이들의 애도를 받았고, 19세기의 학식 있고 성실한 군주라는 평판은 오래 남았다.