Nasceu no nobre clã Minamoto em Quioto. Seu pai era provavelmente um alto funcionário da corte. Seu nascimento privilegiado lhe deu acesso a excelente educação e à atmosfera cultural refinada da aristocracia Heian.

Perdeu o pai aos três anos de idade. Este encontro precoce com a impermanência afetou profundamente sua visão de mundo e desenvolvimento espiritual posterior, despertando nele questões sobre a natureza da vida e da morte.

Sua mãe faleceu quando ele tinha sete anos. Segundo a tradição, em seu leito de morte ela o exortou a se tornar monge e buscar a verdade do budismo. Este momento cristalizou sua resolução de seguir o caminho religioso.

Entrou no mosteiro Tendai no monte Hiei e foi formalmente ordenado como monge budista. Recebeu os preceitos e começou seu rigoroso estudo da doutrina budista na prestigiosa tradição Tendai.

Confrontou a questão fundamental que impulsionaria sua busca espiritual: se todos os seres possuem natureza de Buda como os sutras ensinam, por que devemos praticar para alcançar a iluminação? Isso ficou conhecido como sua 'Grande Dúvida'.

Insatisfeito com as respostas no monte Hiei, desceu a montanha e entrou no templo Kennin-ji para estudar Zen Rinzai sob o mestre Myozen. Isso marcou sua virada decisiva em direção à prática Zen.

Viajou para a China Song com seu mestre Myozen para buscar a transmissão autêntica do Zen. Esta perigosa viagem marítima representou seu compromisso em encontrar o verdadeiro dharma em sua fonte, independentemente das dificuldades.

Alcançou a iluminação sob o mestre Rujing no mosteiro Tiantong. Durante uma meditação matinal, quando Rujing repreendeu um monge dormindo dizendo 'corpo e mente abandonados', Dogen experimentou profundo despertar e recebeu a transmissão do dharma.

Retornou ao Japão trazendo a linhagem autêntica do Zen Soto da China. Quando perguntado o que trouxe, respondeu famosamente 'de mãos vazias' - não tendo ganho nada exceto o abandono do corpo e da mente.

Compôs o Fukanzazengi (Recomendação universal para o zazen), sua primeira obra importante explicando a prática do shikantaza - meditação de 'simplesmente sentar' sem buscar nada. Este texto tornou-se fundamental para a prática do Zen Soto.

Estabeleceu Kosho-ji, o primeiro mosteiro Zen independente no Japão. Aqui começou a treinar discípulos na prática autêntica do Zen, desenvolvendo as regulamentações monásticas que definiriam a vida comunitária do Zen Soto.

Começou a compor o Shobogenzo (Tesouro do olho do verdadeiro dharma), sua obra-prima filosófica escrita em japonês em vez de chinês. Esta escolha sem precedentes tornou a profunda filosofia budista acessível aos leitores japoneses.

Mudou-se para as montanhas remotas da província de Echizen e fundou Eihei-ji, que permanece como o templo principal do Zen Soto até hoje. O ambiente severo incorporava seu ensinamento de que a prática não deve buscar conforto, mas enfrentar a realidade diretamente.

Apesar da saúde em declínio, continuou o ensino e a escrita intensivos em Eihei-ji. Reuniu seus discípulos e transmitiu os aspectos mais essenciais de sua compreensão, sabendo que seu tempo era limitado.

Viajou a Quioto em busca de tratamento médico, mas faleceu lá aos 53 anos. Suas últimas palavras enfatizaram que o verdadeiro dharma havia sido transmitido ao Japão. Seu corpo foi devolvido a Eihei-ji onde seus ensinamentos continuam até hoje.