Nasceu em Leonberg, no Ducado de Württemberg, e cresceu num ambiente protestante moldado pela teologia e pelo estudo dos clássicos. Seu pai, pastor e educador, incentivou o domínio precoce do grego, do latim e dos estudos bíblicos.

Admitido no seminário protestante da Universidade de Tübingen, dividiu quartos e discussões intensas com Georg Wilhelm Friedrich Hegel e o poeta Friedrich Hölderlin. Seus debates sobre Kant, a Revolução Francesa e a liberdade moldaram suas ambições intelectuais iniciais.

À medida que as ideias de Johann Gottlieb Fichte se espalhavam pelas universidades alemãs, Schelling produziu escritos iniciais que iam além de Kant, buscando uma explicação mais dinâmica do eu e da natureza. Rapidamente ganhou atenção como um jovem e audacioso participante do novo movimento idealista.

Em Leipzig, mergulhou na medicina, na química e na história natural de sua época, ao lado da filosofia, em busca de uma base rigorosa para a Filosofia da Natureza. Esse período fortaleceu sua convicção de que a natureza é produtiva, regida por leis e filosoficamente inteligível.

Chegou a Jena, um centro da vida intelectual alemã, onde Idealismo e Romantismo se cruzavam em salões e seminários. O ambiente universitário lhe deu uma plataforma para desenvolver uma filosofia sistemática que ligava natureza, mente e liberdade.

Publicou textos influentes que tratavam a natureza como um processo ativo, e não como um mero mecanismo, recorrendo à ciência contemporânea e aos debates kantianos. Esses escritos ajudaram a definir a Filosofia da Natureza e atraíram admiradores e críticos severos no meio acadêmico.

No "Sistema do Idealismo Transcendental", descreveu como consciência, conhecimento e cultura surgem por etapas que culminam na intuição estética. A obra vinculou a filosofia à criatividade, defendendo que a arte revela de modo mais vívido a unidade entre natureza e espírito.

Schelling avançou a tese de que sujeito e objeto compartilham uma identidade mais profunda no Absoluto, posição debatida nos círculos de Jena. Nessa época, trabalhou de perto com Hegel, inclusive em projetos editoriais conjuntos, antes que suas abordagens começassem a divergir.

Em Jena, interagiu com figuras do Romantismo inicial, incluindo Friedrich e August Wilhelm Schlegel, em debates que ligavam filosofia, literatura e mito antigo. Essas trocas reforçaram sua visão de que o simbolismo e a arte carregam uma verdade filosófica que vai além dos conceitos.

Mudou-se para a Universidade de Würzburg, onde políticas institucionais e alianças acadêmicas instáveis desafiaram seu trabalho. A mudança de ambiente o levou a esclarecer seu sistema e a defender a Filosofia da Natureza contra acusações de especulação romântica.

Enquanto as guerras napoleônicas remodelavam universidades e estados, suas decisões de carreira ocorreram em meio a incerteza política e reformas administrativas. Ele atravessou uma paisagem alemã fragmentada, na qual filosofia, nacionalismo e patronato institucional se entrecruzavam cada vez mais.

No ensaio sobre a liberdade de 1809, enfrentou o problema do mal, fundamentando a liberdade num fundo sombrio e pré-racional no próprio ser. A obra marcou uma mudança decisiva do otimismo sistemático anterior para uma metafísica mais dramática da vontade, da história e do conflito.

Casou-se com Karoline Gotter, figura importante associada ao meio romântico de Jena e ex-esposa de August Wilhelm Schlegel. Sua casa tornou-se um centro social e intelectual, combinando trabalho filosófico com conversa literária e cultural.

Em Munique, ocupou cargos influentes e lecionou amplamente, formando gerações de estudantes durante o período de restauração pós-napoleônica. Passou a enfatizar cada vez mais história, mitologia e religião como complementos necessários à construção de sistemas puramente racionais.

Schelling desenvolveu extensos ciclos de aulas explorando o sentido filosófico do mito, das religiões antigas e do surgimento do cristianismo. Enquadrou esses temas como uma "filosofia positiva" ancorada na realidade histórica, e não apenas na dedução abstrata.

Convidado para a Universidade de Berlim sob patrocínio real, lecionou para auditórios lotados, pois o público buscava uma alternativa à escola hegeliana dominante. Pensadores como Søren Kierkegaard e Mikhail Bakunin assistiram às aulas, alimentando debates sobre liberdade, fé e história.

Com o aumento das expectativas e das polêmicas em Berlim, reduziu sua presença pública e passou a trabalhar de modo mais reservado em manuscritos. O episódio ressaltou a dificuldade de apresentar sua filosofia tardia num clima marcado por agitação política e faccionalismo acadêmico.

Morreu em Bad Ragaz durante uma viagem, deixando um legado que influenciou correntes posteriores de pensamento existencial, religioso e da psicologia das profundezas. Edições póstumas e anotações de alunos ajudaram a difundir suas ideias tardias sobre liberdade, mitologia e revelação por toda a Europa.