Nasceu em Valladolid, em Michoacán, no Vice-Reino da Nova Espanha, em uma família modesta ligada a ofícios locais. Sua infância o colocou em contato com as hierarquias coloniais e com os fardos cotidianos enfrentados por comunidades indígenas e mestiças.

Quando jovem, exerceu trabalhos práticos e percorreu vilas e caminhos rurais de Michoacán. A experiência lhe deu conhecimento de terreno, comércio e redes locais que depois ajudariam a logística e o recrutamento insurgentes.

Ingressou no Colégio de San Nicolás, em Valladolid, onde Miguel Hidalgo y Costilla era uma figura de destaque. O ambiente intelectual da escola e suas ideias reformistas moldaram seu senso de justiça social e de responsabilidade pública.

Morelos foi ordenado após anos de preparação dentro da estrutura da Igreja colonial. Sua função clerical o aproximou das queixas dos paroquianos, de impostos a trabalho forçado, aprofundando sua crítica ao domínio espanhol.

Foi nomeado cura em Carácuaro, uma paróquia remota e pobre da região de Tierra Caliente. Ali aprendeu a administrar a escassez, mediar conflitos e organizar a vida comunitária, habilidades que mais tarde se traduziriam em uma administração insurgente disciplinada.

Depois que Hidalgo lançou a insurreição em setembro de 1810, Morelos o procurou para oferecer apoio. Hidalgo lhe encarregou de levantar forças no sul, transformando um padre local em comandante com uma missão estratégica definida.

Organizou pequenas colunas móveis e capturou várias localidades no sul, ganhando impulso após reveses iniciais dos insurgentes em outras regiões. Sua liderança enfatizava disciplina, linhas de suprimento e cooperação com combatentes e chefes regionais.

Forças realistas sob Félix María Calleja sitiaram os insurgentes em Cuautla por semanas em 1812. As tropas de Morelos resistiram à fome e ao bombardeio e, em seguida, realizaram uma ousada fuga que preservou a liderança central do movimento.

No fim de 1812, tomou Oaxaca, obtendo armas, capacidade de impressão e um importante centro administrativo. A vitória permitiu aos insurgentes arrecadar receitas, emitir ordens e se apresentar como um governo alternativo na Nova Espanha.

Suas forças avançaram contra Acapulco, um porto estratégico ligado às rotas comerciais do Pacífico e às comunicações realistas. A campanha apertou o controle insurgente no sul e demonstrou seu foco em portos, estradas e pontos de estrangulamento.

Morelos promoveu uma assembleia representativa, o Congresso de Chilpancingo, para dar legitimidade política à rebelião. Reuniu deputados insurgentes e buscou substituir a liderança pessoal por instituições e por leis escritas.

Apresentou Sentimentos da Nação, defendendo a independência, a soberania popular e a abolição da escravidão e das distinções de castas. O documento vinculava a fé católica a princípios republicanos, influenciando esforços constitucionais posteriores.

Sob a autoridade do Congresso, representantes insurgentes emitiram uma declaração formal de independência em relação à Espanha. O ato buscava mobilizar apoio interno e sinalizar a potências estrangeiras que o movimento pretendia constituir um Estado, e não apenas uma rebelião.

O Congresso insurgente promulgou a Constituição de Apatzingán, refletindo ideias iluministas e realidades locais. Morelos apoiou esse marco constitucional para institucionalizar direitos, representação e limites ao poder executivo.

Comandantes realistas aumentaram a pressão com exércitos melhor financiados e ofensivas coordenadas por corredores estratégicos. As forças de Morelos enfrentaram escassez, tensões internas e o desafio de proteger o Congresso enquanto mantinham operações no campo.

Enquanto escoltava membros do Congresso insurgente, foi capturado por forças realistas lideradas por Manuel de la Concha. Sua prisão privou a insurgência de seu organizador mais capaz num momento em que as instituições políticas eram frágeis.

Autoridades coloniais o submeteram a processos eclesiásticos que lhe retiraram o status sacerdotal, seguidos de um julgamento civil por traição. O procedimento evidenciou o esforço da Espanha para desmoralizar a legitimidade insurgente ao punir um clérigo-líder de grande projeção.

Foi executado em 22 de dezembro de 1815, após recusar renunciar à causa da independência. Sua morte o transformou em figura mártir, e seus escritos políticos continuaram a influenciar líderes insurgentes e, mais tarde, republicanos.