Nasceu filho de Afanásii Bulgakov, professor na Academia Teológica de Kiev, e de Varvara Pokróvskaia, professora. Crescer num meio culto e multilingue em Kiev influenciou mais tarde as suas descrições vívidas de cidades e cenas domésticas.

Estudou no prestigiado Primeiro Ginásio de Kiev, recebendo uma formação clássica rigorosa em línguas e literatura. A atmosfera disciplinada e as hierarquias sociais da escola reapareceram depois nos seus retratos da vida da intelectualidade.

Ingressou na faculdade de medicina da Universidade de São Vladimir, com formação em anatomia, cirurgia e prática clínica. O contacto precoce com o sofrimento e com a burocracia profissional alimentou o realismo incisivo das suas posteriores narrativas médicas.

Casou com Tatiana Lappa, que o apoiou durante anos de convulsão de guerra e empregos incertos. A relação, tensionada por pobreza e doença, reapareceu nas suas descrições íntimas de um casamento sob pressão.

Depois de concluir a formação médica, foi colocado como médico em localidades provinciais remotas. O isolamento, as emergências e a falta de recursos tornaram-se matéria-prima para o ciclo mais tarde conhecido como Caderno de um Jovem Médico.

Durante a turbulência de 1917, continuou o trabalho médico no meio do colapso institucional e da incerteza política. Uma doença grave e a instabilidade da época aprofundaram o seu cepticismo em relação a grandes slogans e aguçaram a sua sátira observadora.

Voltou a Kiev quando a cidade mudava repetidamente de mãos entre forças rivais durante a Guerra Civil. O clima de medo, rumores e lealdades oscilantes alimentou mais tarde a saga familiar e as batalhas de A Guarda Branca.

Após ser arrastado pelas rupturas da Guerra Civil e por dificuldades pessoais, foi deixando gradualmente a prática médica. Começou a escrever jornalismo e prosa curta, escolhendo a literatura para captar o absurdo e a violência da época.

Chegou a Moscovo com pouco dinheiro, aceitando trabalhos precários enquanto enviava textos para jornais e revistas. Os apartamentos apertados, as filas e a política cultural da cidade tornaram-se cenários centrais da sua sátira.

Conseguiu firmar-se na cena literária moscovita, publicando ensaios e folhetins que zombavam do quotidiano soviético. A reputação crescente abriu oportunidades, mas também atraiu a atenção de guardiões e censores.

Escreveu a novela Coração de Cão, usando uma experiência grotesca para parodiar a engenharia social e o fervor ideológico. A obra circulou em manuscrito e foi rapidamente visada, sinalizando que a sua sátira ousada implicava risco real.

O romance A Guarda Branca e a sua adaptação teatral Dias dos Turbin trouxeram-lhe grande atenção nos teatros de Moscovo. O interesse do Teatro de Arte de Moscovo elevou-o, mesmo quando as autoridades discutiam se a sua visão era aceitável.

Em 1929, a maior parte das suas peças e da sua prosa foi impedida de ser publicada ou retirada do repertório. O endurecimento da linha cultural deixou-o em desespero financeiro e isolamento profissional, intensificando os temas de perseguição na sua escrita.

Enviou cartas a pedir autorização para trabalhar ou emigrar, descrevendo a censura como uma sentença de morte criativa. Estaline telefonou-lhe de forma célebre; depois disso, Bulgakov obteve emprego limitado no teatro, mas não verdadeira liberdade artística.

Casou com Elena Shilovskaia, que se tornou a sua colaboradora mais próxima e apoio fundamental no meio de vigilância e proibições. A preservação meticulosa dos manuscritos por ela foi decisiva para a sobrevivência e publicação póstuma das suas principais obras.

Depois de repetidos conflitos por causa da censura e de revisões exigidas, deixou o Teatro de Arte de Moscovo, frustrado. O episódio mostrou quão firmemente as instituições culturais soviéticas controlavam o repertório, mesmo para escritores com patronos influentes e reconhecimento.

Assumiu trabalho como libretista e adaptador ligado ao Teatro Bolshoi para sobreviver profissionalmente. Em paralelo, continuou a rever O Mestre e Margarida, entrelaçando sátira moscovita com uma narrativa paralela da Paixão.

O seu estado piorou, provavelmente por nefroesclerose, a mesma doença que matou o pai. Apesar da visão e das forças em declínio, ditou correções a Elena, decidido a concluir a forma final de O Mestre e Margarida.

Morreu após anos de censura e de saúde debilitada, deixando obras fundamentais inéditas em vida. Elena Bulgakova protegeu os seus papéis, permitindo que leitores posteriores encontrassem o seu mundo imaginativo completo para lá das restrições soviéticas.