他以埃米利奧·法米·阿奎納多之名出生，父為卡洛斯·阿奎納多、母為特立尼達·法米，出身於西班牙殖民統治下的顯赫市鎮家族。成長於考伊特，使他早早接觸地方治理、土地所有，以及日益升高的反殖民緊張氛圍。

卡洛斯·阿奎納多去世後，他中止正規學業，轉而協助打理甲米地的家族事務。這段經歷加深了他與地方菁英的連結，也使他更理解西班牙時期市鎮權力結構的運作。

他出任考伊特市鎮長，取得行政權力並在甲米地建立影響力。此職務使他身處殖民稅制、治安管控，以及日益活躍的地下改革與革命網絡交會之處。

隨著起義擴散，他與革命事業結盟，在甲米地組織武裝力量。他的地方領導使甲米地成為對抗西班牙駐軍與修會勢力的重要革命戰場。

他率軍在甲米地取得一系列顯著戰果，包括伊穆斯周邊戰事，提升了他在革命陣營中的聲望。這些戰役展現了戰術協調能力，也加劇了關於領導與策略的內部爭論。

在特赫羅斯大會上，革命人士在派系爭執中投票選出他為新革命政府總統。爭議性的程序加深了他與安德烈斯·博尼法西奧之間的緊張，並重塑了運動的指揮結構。

在被指控煽動叛亂後，安德烈斯·博尼法西奧遭逮捕，由革命法庭審判並在馬拉貢東被處決。此事長期引發關於革命正義、權威合法性，以及阿奎納多作為領袖責任的爭議。

他與總督費爾南多·普里莫·德里維拉達成比亞克納巴托協議，同意流亡以換取改革承諾與賠償金。阿奎納多與主要領袖離境後戰事暫歇，但不信任與動盪仍持續存在。

流亡期間，他在香港組織革命委員會籌措資金並採購軍火。該團體密切關注馬尼拉局勢，並在西班牙於西美戰爭中地位動搖之際，準備再度掀起衝突。

他自香港返抵菲律賓，當時美軍在喬治·杜威准將指揮下於菲律賓與西班牙交戰。阿奎納多重建軍隊並再度確立革命權威，期待擊敗西班牙後能迎來獨立。

六月十二日，他在考伊特的住家宣告獨立，升起國旗，樂隊演奏國家進行曲。此一宣告提出新的建國主張，但外國承認仍充滿不確定。

馬洛洛斯會議制定馬洛洛斯憲法後，他就任第一菲律賓共和國總統。面對日益升高的美方壓力，政府嘗試以制度建設、外交活動與正規軍隊來取得合法性。

在馬尼拉附近發生衝突後，菲律賓與美軍之間的武裝戰爭爆發，脆弱的談判宣告破裂。阿奎納多領導政府對抗新的殖民力量，作戰也從正面會戰逐步轉向機動抵抗。

美軍將領弗雷德里克·芬斯頓以計策配合馬卡貝貝偵察兵，在帕拉南將他俘獲，終結其積極指揮。其後他向美國宣誓效忠，並呼籲菲律賓人接受和平與文治。

他參加一九三五年邦聯選舉，最終敗給代表新政治秩序的曼努埃爾·奎松。這場競選顯示他仍具能見度，但也反映政治已轉向更制度化的政黨運作。

日本占領期間，他公開呼籲民眾合作，此立場日後被許多菲律賓人嚴厲批判。戰後他因被指控通敵而遭逮捕，但最終獲得特赦。

總統迪奧斯達多·馬卡帕加爾將官方獨立紀念日由七月四日改為六月十二日，以呼應他在一八九八年的宣告。此舉提升了他在國族記憶中的象徵地位，但關於其抉擇的爭論仍未止息。

他一生見證西班牙統治、美國殖民、日本占領與戰後共和國，使其生命成為多個大時代之間的橋樑。他的歷史評價始終複雜：因獨立而受讚揚，也因革命年代的決策而備受爭議。