Nació como Yagyu Mitsuyoshi, más tarde célebre como Jubei, en un hogar guerrero vinculado a los Tokugawa. Su padre, Yagyu Munenori, servía al shogunato, lo que situó a la familia como instructores de espada de élite en un Japón que empezaba a estabilizarse.

Mientras los Tokugawa aplastaban a los Toyotomi en Osaka, el país pasó del gobierno del campo de batalla a una paz administrativa. En ese clima, los Yagyu insistieron en la esgrima como disciplina y formación para gobernar, no solo como técnica para matar.

Ingresó en una instrucción rigurosa en la Yagyu Shinkage-ryu, ejercitando desplazamientos, control del tiempo y compostura mental. El adiestramiento en el territorio Yagyu vinculaba la técnica con la etiqueta y el juicio, propio de un futuro servidor destinado a la corte.

Registros domésticos y tradiciones posteriores lo describen como inusualmente rápido y exigente en las katas y en la práctica a dúo. Su progreso reforzó la reputación de los Yagyu como instructores de los Tokugawa, un papel cada vez más importante en la casa del shogun.

Con la sucesión de Iemitsu, la posición de Munenori en Edo se amplió y la escuela Yagyu ganó prestigio. El camino de Jubei apuntó cada vez más al servicio en el entorno del shogun, donde la esgrima también significaba cercanía política.

Durante desplazamientos de alto perfil entre Edo y Kioto y audiencias formales, los Yagyu eran visibles como asistentes de confianza. La presencia de Jubei en esos escenarios reflejaba el papel familiar como especialistas marciales y servidores discretos de la corte.

Suele describírsele como beneficiario de un nombramiento dentro de la casa Tokugawa, favorecido por la posición de Munenori. Esto ligó su sustento a la administración de Edo, donde la destreza marcial era señal de lealtad y confianza personal.

Relatos posteriores lo sitúan en contextos de entrenamiento cerca de Iemitsu, donde la demostración de compostura importaba tanto como la victoria. Estas sesiones reforzaron la idea de que la autoridad del shogun descansaba en la fuerza controlada y la disciplina cultivada.

Por entonces desaparece de los nombramientos oficiales, lo que alimentó especulaciones sobre exilio, protesta o encargos encubiertos. El silencio documental se convirtió en semilla de leyendas duraderas, después ampliadas por novelas y teatro en aventuras secretas.

Las tradiciones lo describen viajando ampliamente para poner a prueba su técnica y refinar su carácter, visitando dojos y lugares religiosos. Sea literal o adornado, el motivo encaja con el ideal Edo del shugyo, donde la práctica errante forjaba contención y lucidez.

Cuando los Tokugawa endurecieron las restricciones marítimas y vigilaron el cristianismo, historias posteriores imaginaron a Jubei en funciones de inteligencia. El clima político de vigilancia y control hizo verosímiles esas leyendas, aunque la evidencia sólida siga siendo escasa.

La tradición popular lo retrató cada vez más como tuerto, a veces por una herida, un duelo o un ocultamiento deliberado. Ese rasgo llamativo ayudó a simbolizar sacrificio y concentración, convirtiendo a un servidor en un héroe folclórico icónico.

Vuelve a un deber documentado bajo Iemitsu, lo que sugiere reconciliación o una confianza renovada dentro de la casa del shogun. Su regreso reforzó la posición institucional de los Yagyu y el misterio sobre lo ocurrido en sus años perdidos.

Algunas fuentes describen que recibió tareas que exigían proximidad y fiabilidad, coherentes con un hatamoto que servía directamente al shogun. En una época de protocolo palaciego, esos roles dependían tanto de la discreción como de la pericia con la espada.

Textos atribuidos posteriormente a él, incluido el espíritu del "Tsukimi no Sho", subrayan la percepción calmada y el momento decisivo. Incluso cuando la autoría se discute, reflejan la mezcla Yagyu de estrategia influida por el zen y ética del gobierno.

Durante la paz madura del Edo, las escuelas de esgrima competían por el patronazgo de vasallos y funcionarios. La asociación de los Yagyu con el shogunato mantuvo prestigiosa a la Shinkage-ryu, y la leyenda de Jubei ayudó a ampliar su alcance cultural.

Murió relativamente joven y las fuentes discrepan sobre las circunstancias y los detalles exactos, lo que profundizó la especulación posterior. Con el tiempo, los narradores lo elevaron al arquetipo del maestro errante, eclipsando el rastro histórico escaso.