Né dans le noble clan Minamoto à Kyoto. Son père était probablement un haut fonctionnaire de la cour. Sa naissance privilégiée lui donna accès à une excellente éducation et à l'atmosphère culturelle raffinée de l'aristocratie Heian.

Perdit son père à l'âge de trois ans. Cette rencontre précoce avec l'impermanence affecta profondément sa vision du monde et son développement spirituel ultérieur, éveillant en lui des questions sur la nature de la vie et de la mort.

Sa mère mourut quand il avait sept ans. Selon la tradition, sur son lit de mort, elle l'exhorta à devenir moine et à chercher la vérité du bouddhisme. Ce moment cristallisa sa résolution de poursuivre la voie religieuse.

Entra au monastère Tendai sur le mont Hiei et fut formellement ordonné moine bouddhiste. Il reçut les préceptes et commença son étude rigoureuse de la doctrine bouddhiste dans la prestigieuse tradition Tendai.

Confronta la question fondamentale qui allait guider sa quête spirituelle : si tous les êtres possèdent la nature de Bouddha comme l'enseignent les sûtras, pourquoi devons-nous pratiquer pour atteindre l'éveil? Ceci devint connu comme son 'Grand Doute'.

Insatisfait des réponses au mont Hiei, il descendit la montagne et entra au temple Kennin-ji pour étudier le Zen Rinzai sous le maître Myozen. Cela marqua son tournant décisif vers la pratique du Zen.

Voyagea en Chine des Song avec son maître Myozen pour chercher la transmission authentique du Zen. Ce dangereux voyage en mer représentait son engagement à trouver le vrai dharma à sa source, malgré les difficultés.

Atteignit l'éveil sous le maître Rujing au monastère Tiantong. Lors d'une méditation matinale, quand Rujing réprimanda un moine endormi en disant 'corps et esprit abandonnés', Dogen vécut un profond éveil et reçut la transmission du dharma.

Retourna au Japon porteur de la lignée authentique du Zen Soto de Chine. Quand on lui demanda ce qu'il avait rapporté, il répondit fameusement 'les mains vides' - n'ayant rien gagné sauf l'abandon du corps et de l'esprit.

Composa le Fukanzazengi (Recommandation universelle pour le zazen), son premier ouvrage majeur expliquant la pratique du shikantaza - méditation 'simplement assis' sans rien chercher. Ce texte devint fondamental pour la pratique du Zen Soto.

Établit Kosho-ji, le premier monastère Zen indépendant au Japon. Là, il commença à former des disciples à la pratique authentique du Zen, développant les règles monastiques qui définiraient la vie communautaire du Zen Soto.

Commença à composer le Shobogenzo (Trésor de l'œil du vrai dharma), son chef-d'œuvre philosophique écrit en japonais plutôt qu'en chinois. Ce choix sans précédent rendit la philosophie bouddhiste profonde accessible aux lecteurs japonais.

S'installa dans les montagnes reculées de la province d'Echizen et fonda Eihei-ji, qui reste aujourd'hui le temple principal du Zen Soto. L'environnement rude incarnait son enseignement que la pratique ne doit pas chercher le confort mais affronter la réalité directement.

Malgré sa santé déclinante, continua l'enseignement et l'écriture intensifs à Eihei-ji. Il rassembla ses disciples et transmit les aspects les plus essentiels de sa compréhension, sachant que son temps était limité.

Se rendit à Kyoto pour un traitement médical mais y mourut à 53 ans. Ses dernières paroles soulignaient que le vrai dharma avait été transmis au Japon. Son corps fut ramené à Eihei-ji où ses enseignements perdurent jusqu'à ce jour.