学識ある職人の家にフィリップ・シュヴァルツェルトとして生まれ、神聖ローマ帝国の中世末期の学校文化の中で育った。幼少期からラテン語学習に触れたことが、のちのルネサンス的人文主義と改革活動の土台となった。

家族の死を経験した後、プフォルツハイムへ移り、人文主義の学術ネットワークと結び付いたラテン語学校で学んだ。大叔父ヨハネス・ロイヒリンはギリシア語学習を勧め、「黒い土」を意味するギリシア風の姓メランヒトンを与えた。

非常に若くしてハイデルベルク大学に入り、文法・論理・古典文献に没頭した。大学のスコラ学的な訓練は厳密な方法への嗜好を磨き、人文主義は彼をギリシア語と修辞へと強く向かわせた。

テュービンゲンでは活気ある人文主義共同体に加わり、神学的読解のための高度なギリシア語学習を広げた。古典著作の編集と講義を行い、文献学を教会刷新の道具とみなす学者たちと友情を育んだ。

テュービンゲンで文学修士号を得て、修辞学・弁証法・古典文学の講義を始めた。彼の講義は、学問を教えやすい構造へ組み立てる卓越した整理力を示し、知の編成者として名を知られるようになった。

賢明公フリードリヒの招きによりヴィッテンベルク大学の講座を担い、学問改革を訴える影響力ある就任講演を行った。そこでマルティン・ルターと出会い、初期宗教改革の重要な学術的協力者となった。

ライプツィヒ討論では、ルターとヨハン・エックが権威と教理をめぐって激しく対立し、メランヒトンはその論争を綿密に追った。ギリシア語と教父文献に通じた彼の学識は、教会教説を改革するヴィッテンベルク側の知的根拠を強化した。

『ロキ・コムーネス』初版を刊行し、パウロ書簡から汲み取った主題ごとの論点として福音主義教理を明確に整理した。この著作は宗教改革に体系的枠組みを与え、プロテスタント諸学校で標準教科書として急速に広まった。

ヴィッテンベルクで変化が加速する中、ルターと協力して改革運動を落ち着かせ、説教と礼拝の秩序を保つよう努めた。教育計画の起草や同僚への助言を得意とし、熱情と制度的継続性の均衡を図った。

カタリーナ・クラップと結婚し、学者としての生活をヴィッテンベルクの市民社会と結び付けた。彼らの家は学生や訪問する牧師たちの中心地となり、学識と規律ある家庭が教会と学校改革を支えるという信念を体現した。

選帝侯領ザクセンの委嘱を受け、牧師の資質、教育、教理問答の実施状況を点検する教会・学校視察に加わった。調査は無知の蔓延を露わにし、聖職者養成と課程編成のための実務的指針を書かせる原動力となった。

マールブルクでは、ルターとフルドリヒ・ツヴィングリがプロテスタントの一致を試みたが、主の晩餐におけるキリストの臨在をめぐって鋭く分裂した。メランヒトンは慎重に参加し、教理と政治が同盟を形作る現実を見据えつつ一致を求めた。

帝国議会において、皇帝カール五世に向けた福音主義信仰の節度ある声明としてアウクスブルク信仰告白を起草した。慎重なラテン語とドイツ語で書かれ、古代教会との連続性を示しつつ、改革を乱用とする非難に対抗することを狙った。

カトリック神学者が反駁文を出した後、義認や秘跡などの主要教理を دفاعするためにアウクスブルク信仰告白弁明を作成した。この文書はルター派の自己理解を強化し、聖書と伝統に基づいて論じる訓練を牧師たちに与えた。

皇帝の圧力のもと、カトリック代表と宗教和平を交渉するためレーゲンスブルク会談へ赴いた。義認の文言では一定の合意が見られたが、権威と礼拝をめぐる深い対立は残り、神学的妥協の限界が明らかになった。

ルターが死去すると、メランヒトンは葬送の言葉を述べ、ヴィッテンベルクの神学的遺産を導く責務に直面した。ルターの政治的影響力を欠く中で、説得と学識によってプロテスタント諸同盟をまとめることに一層依存するようになった。

皇帝側の勝利後、カール五世はアウクスブルク暫定令を課し、プロテスタントに多くのカトリック的慣行の復活を迫った。核心教理を守りつつ一部の儀礼では譲歩しようとした彼の方針は激しい対立を招き、のちに中立事柄論争と呼ばれる争点となった。

アウクスブルクの和議は、領邦の選択原理にもとづき帝国内でルター派領邦の合法的共存を認めた。彼個人の業績だけではないが、彼が体系化に貢献した運動の制度的将来が持続的であることを確証した。

教会改革と教育刷新のために教え、著し、交渉を重ねた数十年の後に死去した。ヴィッテンベルクの城教会でルターの近くに葬られ、プロテスタントの学びを形作った教師として「ドイツの教師」と記憶された。