マサチューセッツ州グレート・バリントンで、メアリー・シルヴィナ・バーグハートとアルフレッド・デュボイスの子として誕生した。白人が多数を占める町で育ちながら学業で頭角を現し、南北戦争後のアメリカで人種をめぐる現実を早くから学んだ。

優秀な成績でグレート・バリントン高校を卒業し、地域の支援を得て進学の道を切り開いた。バークシャー地方を離れてナッシュビルへ向かい、フィスク大学に入学してジム・クロウ体制の南部を現地で体験した。

フィスク大学で古典を学び、人種的正義への生涯にわたる献身と厳密な学問姿勢を培った。ナッシュビルでの隔離された生活経験は、アメリカ民主主義への批判を鋭くし、後の活動の基盤となった。

ハーバード大学で学士号を取得し、フィスクでの学びを踏まえた高度な履修を積み重ねた。歴史と哲学の訓練を深め、黒人の生活と制度に関する大学院研究へと備えを整えた。

奨学金の支援を受けてベルリン大学で学び、ドイツの社会科学的方法論と政治経済学を吸収した。ベルリンの知的環境は、人種・帝国・近代性を比較の視点から捉える見取り図を、アメリカ合衆国を超えて広げた。

ハーバード大学で歴史学の博士号を取得し、十九世紀における黒人学者として画期的な到達点を示した。博士論文ではアフリカ奴隷貿易の抑圧を扱い、史料にもとづく厳密さと道義的切迫を結び付ける姿勢を明確にした。

フィスクで出会ったニーナ・ゴーマーと結婚し、まもなく学術の仕事に本格的に従事した。同年、大西洋をまたぐ奴隷貿易研究の拡充版を刊行し、歴史家としての評価をいっそう高めた。

ペンシルベニア大学と協働し、戸別訪問の調査と地図化によってフィラデルフィア第七区の社会状況を詳細に記録した。統計と生活実感を結び付けたこの研究は、人種をめぐる実証的社会学の模範を打ち立てた。

論考、歴史叙述、抒情的な散文を織り交ぜた『黒人の魂』を刊行し、アメリカ生活における肌の色の境界線を分析した。二重の意識という概念は、隔離と偏見のもとで黒人でありアメリカ人であることの心理的緊張を捉えた。

ウィリアム・モンロー・トロッターらとともにナイアガラ運動を立ち上げ、参政権、平等な教育、隔離の廃止を要求した。米加国境近くで会合を重ね、ブッカー・T・ワシントンの融和的路線に異議を唱えた。

メアリー・ホワイト・オヴィントンやオズワルド・ギャリソン・ヴィラードらを含む人種横断の連合に加わり、後の全米黒人地位向上協会となる組織の結成に関与した。人種暴力と参政権剥奪への反発から生まれ、法廷、報道、政治の場で闘うことを目指した。

ニューヨークへ移り、リンチ、隔離、訴訟闘争を報じる協会の機関誌の編集を担った。彼の指導のもとで同誌は黒人の政治思想の主要な舞台となり、ハーレム・ルネサンスの声を世に送り出す助けともなった。

第一次世界大戦後、パリで汎アフリカ会議の開催に尽力し、ヴェルサイユ講和の交渉者に対してアフリカの植民地支配を問題化した。民族自決は植民地化された人々にも及ぶべきだと主張し、人種的正義を世界政治へと結び付けた。

協会内の戦略対立が続いた末に機関誌の職を辞し、教授としてアトランタ大学へ戻った。学界に復帰後は大規模な歴史研究を進めつつ、黒人解放の戦術をめぐる論争にも関わり続けた。

『アメリカにおける黒人の復興』を刊行し、南部再建の中心的担い手は奴隷身分から解放された人々であったと論じた。従来の支配的な学説に挑み、復興期を労働、民主主義、人種をめぐる闘争として描き直した。

第二次世界大戦の終結期に国際的な場で活動し、人権には人種差別からの保護が含まれるべきだと訴えた。反植民地運動と新たな国際連合の枠組みを結び付け、アメリカ合衆国自身の色の境界線に向き合うよう迫った。

平和運動が外国代理人登録法にもとづく登録を要するとして、ワシントンで起訴された。事件は却下されたものの、この出来事は赤狩りの時代の圧力を映し、渡航や公的発言の場を狭めた。

クワメ・ンクルマ大統領の招きでアクラへ移り、アフリカ百科事典の計画を指揮した。晩年には汎アフリカ的な地平をいっそう強め、アフリカの歴史とディアスポラの達成を統合する知の事業を目指した。

人種的序列に抗う学問と闘争の生涯を終え、ガーナのアクラで死去した。死の報は、公民権指導者たちがワシントン大行進に集うさなかに多くのアメリカ人へ届き、運動に残した持続的影響の大きさを際立たせた。