미나모토노 요리토모는 미나모토(겐지) 가문의 수장 미나모토노 요시토모의 셋째 아들로 태어났다. 어머니는 명문 후지와라 가문 출신으로, 무가와 공가 양쪽에 연줄을 가진 혈통이었다.

헤이지의 난에서 아버지 요시토모가 다이라 가문에 패해 전사한 후, 어린 요리토모는 포로가 되었다. 어린 나이 덕분에 처형을 면하고 이즈 지방으로 유배되어 다이라 가문의 감시 아래 20년간의 유배 생활이 시작되었다.

요리토모는 호조 가문의 감시 아래 이즈에서 유배 생활을 시작했다. 이 형성기 동안 군사 전략을 연구하고 지방 무사들과 관계를 쌓으며 미나모토 가문의 명예 회복이라는 야망을 품었다.

요리토모는 감시역이었던 호조 도키마사의 딸 마사코와 결혼했다. 유력한 호조 가문과의 전략적 동맹은 향후 군사 작전과 막부 창설에 결정적인 역할을 하게 된다.

모치히토 왕의 영지에 응하여 요리토모는 다이라 가문에 대항해 거병하며 겐페이 전쟁이 시작되었다. 이시바시야마 전투에서는 패배했으나 탈출하여 동국 무사들을 규합했다.

요리토모는 산과 바다로 둘러싸인 전략적 요충지 가마쿠라에 군사 본거지를 설립했다. 이곳은 일본 최초의 무가 정권 소재지가 되어 시대의 이름을 갖게 된다.

요리토모는 늘어나는 고케닌(가신)들을 관리하고 통제하기 위해 사무라이도코로(시종소)를 설치했다. 이 기관은 그가 구축하던 막부 행정 체계의 초석이 되었다.

요리토모는 구몬조(행정부)와 몬추조(심문부)라는 두 행정 기관을 설치했다. 이들 기관은 각각 문서 행정과 사법 업무를 담당하며 정권의 통치 구조를 정비했다.

동생 요시쓰네와 노리요리가 이끄는 요리토모 군은 이치노타니에서 다이라 군에 결정적인 승리를 거두었다. 요시쓰네의 유명한 절벽 기습 등 기발한 전술이 다이라 군을 궤멸시켰다.

단노우라 해전으로 겐페이 전쟁은 미나모토의 완전한 승리로 끝났다. 어린 안토쿠 천황은 다이라 가문과 함께 입수하고 삼종신기 일부가 바다에 가라앉았다.

요리토모는 각 지방에 슈고(군사 총독)를, 장원에 지토(토지 관리인)를 임명할 권한을 조정으로부터 얻었다. 이 제도를 통해 무사 네트워크로 전국을 전례 없이 장악했다.

요시쓰네의 군사적 재능에도 불구하고 요리토모는 동생의 인기와 독단적 행동을 경계하게 되었다. 요시쓰네의 가마쿠라 입성을 거부하며 요시쓰네의 죽음으로 이어지는 비극적 갈등이 시작되었다.

요리토모 군에 쫓기던 요시쓰네는 보호자였던 후지와라노 야스히라에게 배신당해 자결을 강요받았다. 요리토모는 이후 오슈 후지와라 가문을 멸망시켜 동북 지방의 마지막 독립 세력을 제거했다.

요리토모는 유배 이후 처음으로 승자로서 교토를 방문하여 고시라카와 법황을 알현했다. 높은 관위를 받으면서도 멀리 가마쿠라에 권력 기반을 유지했다.

고시라카와 법황 붕어 후, 요리토모는 고토바 천황으로부터 정이대장군에 임명되었다. 이 칭호는 무가 정권을 정당화하고 약 700년간 지속될 막부 체제를 확립했다.

요리토모는 낙마 사고로 51세에 서거했다. 그의 죽음으로 막부는 어린 아들들에게 맡겨졌고, 이는 가마쿠라 정권을 지배하게 될 호조 집권의 대두로 이어졌다.