쇼군 아시카가 요시아키라의 적장자로 교토에서 태어났다. 일본이 북조와 남조로 분열되어 각각 황통의 정통성을 주장하던 남북조 동란기에 태어났다.

아버지 요시아키라가 사망하여 겨우 아홉 살의 나이에 쇼군직을 계승하게 되었다. 유력자인 호소카와 요리유키가 섭정으로서 막부 정사를 보좌하며 어린 시절의 정무를 대행하였다.

정식으로 무로마치 막부 제3대 쇼군에 취임하였다. 어린 나이였지만 섭정의 지도 아래 복잡한 통치술과 군사 전략을 배우며 장래의 역할을 준비하였다.

무로마치에 화려한 저택 '하나노고쇼(꽃의 어소)'를 조영하였다. 이 호화로운 어소는 정치 권력의 중심이 되었으며 막부 명칭의 유래가 되었고, 그의 권위를 상징하였다.

섭정 호소카와 요리유키를 파면하고 독립적인 통치를 시작하였다. 이로써 직접적인 정치 참여와 야심찬 권력 집중의 길을 걷기 시작하였다.

미노국의 유력 수호대명 도키 씨를 토벌하였다. 군사적 능력과 권력 집중에 대한 결의를 보여주었으며, 지방 수호들의 세력을 크게 약화시켰다.

열한 개 지방을 지배하던 야마나 씨가 일으킨 메이토쿠의 난을 진압하였다. 이 결정적인 승리로 최대의 정적을 제거하고 막부의 전 무가에 대한 우위를 확립하였다.

60년에 걸친 황통 분열을 종식시키고 역사적인 남북조 통일을 달성하였다. 교묘한 협상을 통해 남조로부터 삼종신기의 반환을 이끌어내어 일본에 평화를 가져왔다.

정식으로 쇼군직을 사임하고 어린 아들 요시모치에게 양위하였다. 그러나 '태정대신입도'로서 실권을 유지하며 배후에서 계속 정치를 조종하였다.

출가하여 법명 '도기'를 받았다. 이 종교적 은퇴는 대부분 의례적인 것으로, 정치적 영향력과 문화 활동을 유지하면서도 더 자유로운 행동을 가능하게 하였다.

기타야마에 은거처 건설을 시작하였다. 후에 유명한 금각사가 된 이 건물은 금박으로 덮인 외관이 그의 부와 세련된 미의식을 상징하였다.

유력한 오우치 씨가 일으킨 오에이의 난을 진압하였다. 이 승리로 권위를 더욱 공고히 하였으며, 은퇴 후에도 여전히 일본 최고의 군사적·정치적 권력자임을 보여주었다.

명나라와 정식 외교 관계를 수립하고 중국 황제로부터 '일본국왕' 칭호를 받았다. 이 논란이 된 결정으로 막부를 크게 부유하게 한 감합무역이 시작되었다.

명나라로부터 최초의 공식 무역 사절이 일본에 도착하였다. 감합무역 제도를 통해 일본의 구리·유황·도검과 중국의 비단·도자기·동전의 교환으로 막대한 부가 유입되었다.

기타야마 별장에서 49세의 나이로 사망하였다. 병사로 알려졌지만, 황위를 노렸다는 소문도 있었다. 그의 급서로 그러한 야망도 끝이 났다. 기타야마도노는 로쿠온지로 개칭되었다.