도쿠가와 이에미쓰는 도쿠가와 히데타다와 오에요의 방의 셋째 아들로 태어났다. 형들이 있어 본래 계승이 예상되지 않았으나, 유모 가스가노 쓰보네가 그의 지위 확보에 결정적인 역할을 하게 된다.

어린 이에미쓰는 은퇴한 쇼군 도쿠가와 이에야스를 만났다. 이에야스는 어린 손자를 마음에 들어했으며, 도쿠가와의 유산을 계승할 강한 의지를 인정했다고 전해진다.

가스가노 쓰보네의 열정적인 정치 공작과 고 이에야스의 유지에 따라 이에미쓰는 공식적으로 아버지의 후계자로 지명되었다. 총애받던 형 다다나가를 포함한 형들을 제치고 내려진 결정이었다.

아버지 히데타다의 은퇴에 따라 도쿠가와 이에미쓰는 공식적으로 3대 도쿠가와 쇼군이 되었다. 열아홉 살에 대체로 평화로운 나라를 물려받았으나, 유력 다이묘 가문의 통제라는 중대한 과제에 직면했다.

이에미쓰는 막부의 행정 기구를 재편하여 더 명확한 위계 구조를 만들고 중앙 권력을 강화했다. 신뢰할 수 있는 측근을 임명하고 세대를 넘어 도쿠가와 통치를 정의할 새로운 규범을 확립했다.

아버지이자 오고쇼(대어소)였던 히데타다의 사망으로 이에미쓰는 막부에 대한 완전한 자율적 권력을 획득했다. 즉시 절대적 권위를 주장하며 그의 지배에 대한 어떤 도전도 가차 없이 처단했다.

이에미쓰는 외국과의 무역과 도항을 제한하는 최초의 쇄국령을 발포했다. 일본인의 해외 도항은 금지되고 이미 해외에 있는 자의 귀국도 금지되어 일본의 쇄국 정책이 시작되었다.

이에미쓰는 산킨코타이 제도를 공식화하여 모든 다이묘에게 격년으로 에도에 체류할 것을 의무화하고 그 가족은 영구적인 인질로 남겨두게 했다. 이 뛰어난 전략으로 봉건 영주들은 재정적으로 소진되고 정치적으로 복종하게 되었다.

최종 쇄국령이 발포되어 포르투갈과 스페인 상인들은 데지마에 한정되고 후에 완전히 추방되었다. 나가사키에서 네덜란드와 중국 상인에 의한 제한된 무역만이 허용되어 일본의 쇄국이 완성되었다.

이에미쓰는 동생 다다나가에게 불행실을 이유로 할복을 명령했다. 잠재적 경쟁자의 냉혹한 제거는 자신의 가족 내에서도 절대 권력을 유지하려는 이에미쓰의 무자비한 자세를 보여주었다.

이에미쓰는 12만 5천 명의 군대를 파견하여 주로 기독교인들에 의한 시마바라의 난을 진압했다. 약 3만 7천 명이 사망한 이 잔혹한 진압으로 기독교 박해는 심화되고 쇄국 정책은 강화되었다.

포르투갈인은 완전히 일본에서 추방되고 네덜란드 상인들은 인공섬 데지마로 이동되었다. 이는 200년 이상 일본을 고립시키게 될 쇄국 정책의 최종 시행을 기록하는 것이었다.

말년에도 이에미쓰는 권력 집중을 계속하여 불충하거나 무능한 다이묘로부터 영지를 몰수하고 충실한 지지자들에게 재분배했다. 막부는 그의 치세 아래 절대적 권위의 정점에 달했다.

이에미쓰의 건강은 아마도 만성 질환으로 인해 악화되기 시작했다. 건강 상태 악화에도 불구하고 통치를 계속하며 어린 아들 이에쓰나가 4대 쇼군으로 계승할 준비를 진행했다.

도쿠가와 이에미쓰는 46세로 사망하여 완전히 공고해진 쇼군 제도와 200년 이상 외부 세계에 폐쇄된 채 남을 고립된 일본을 남겼다. 그의 절대주의와 쇄국의 유산은 일본 역사에 깊은 영향을 미쳤다.