미나모토노 요시쓰네는 겐지 가문의 수장 미나모토노 요시토모의 아홉째 아들로 태어났다. 어린 시절 이름은 우시와카마루. 겐지는 헤이시와 더불어 일본 최고의 무가 가문이었으며, 두 가문은 조정의 권력을 두고 대립하고 있었다.

아버지 요시토모가 헤이지의 난에서 패하여 죽임을 당했다. 어린 요시쓰네와 어머니는 다이라노 기요모리에 의해 목숨을 건졌으나 유배되었다. 형들도 처형은 면했지만 각지로 유배되었다.

승려가 되기 위해 교토 북방의 구라마 사원으로 보내졌다. 그러나 밤마다 몰래 무예를 연마하며, 아버지의 원수를 갚고 가문의 명예를 회복할 것을 맹세했다.

전설에 따르면 구라마 산에서 텐구의 왕 소조보에게 검술을 배웠다고 한다. 신화적인 이야기이지만, 후에 일본 최고의 무장이 되는 그의 뛰어난 무예를 상징한다.

자신의 출신을 알게 된 요시쓰네는 구라마 사원을 탈출했다. 오슈로 향하여 북방의 호족 후지와라노 히데히라의 보호를 받게 되었다.

일본에서 가장 유명한 전설 중 하나. 무사승 벤케이는 999자루의 칼을 모으고 있었으나 젊은 요시쓰네에게 패배했다. 벤케이는 영원한 충성을 맹세하고 요시쓰네의 가장 충실한 가신이 되었다.

형 미나모토노 요리토모가 헤이시 타도의 군사를 일으키자, 요시쓰네는 오슈에서 달려왔다. 가마쿠라에서 성인이 되어 처음으로 형제가 대면하고, 겐페이 전쟁이 본격적으로 시작되었다.

요시쓰네는 기마대를 이끌고 절벽을 내려가 헤이시 진지를 배후에서 급습하여 대승을 거두었다. 이 '히요도리고에 역습'은 전설이 되어 그의 혁신적인 군사적 천재성을 보여주었다.

요시쓰네는 야시마의 헤이시 본거지를 기습 공격했다. 전투 중 활을 바다에 떨어뜨렸으나 겐지의 활을 적에게 비웃음거리로 만들 수 없다며 목숨을 걸고 주워 올렸다는 일화가 전해진다.

겐페이 전쟁 최후의 결전에서 겐지 수군을 지휘했다. 천재적인 전술로 헤이시를 완전히 멸망시켰다. 어린 안토쿠 천황은 삼종신기와 함께 바다에 빠져 죽었고, 겐지의 완전한 승리로 전쟁이 끝났다.

승리에도 불구하고 요시쓰네의 명성은 형 요리토모의 시기심을 불러일으켰다. 요리토모는 요시쓰네의 가마쿠라 입성을 거부했고, 요시쓰네는 유명한 '고시고에 서장'을 써서 자신의 무죄와 충성을 호소했다.

요리토모는 요시쓰네를 조적·가마쿠라 막부의 적으로 선포했다. 한때의 영웅은 일순간에 쫓기는 신세가 되어, 벤케이를 비롯한 소수의 충신들과 함께 도피 생활을 하게 되었다.

요시쓰네는 야마부시로 변장하여 요리토모의 추격자들을 피해 일본을 종단했다. 젊은 시절 보호를 받았던 오슈의 후지와라노 히데히라에게 몸을 의탁했다. 히데히라는 위험을 무릅쓰고 요시쓰네를 받아들였다.

후지와라노 히데히라가 사망했다. 요시쓰네를 보호하라는 유언을 남겼으나, 아들 야스히라는 요리토모의 분노를 두려워하여 요시쓰네를 배신할 계획을 세우기 시작했다. 비극의 영웅의 운명이 결정되었다.

야스히라 군에게 저택을 포위당한 요시쓰네는 사로잡히기보다 죽음을 택했다. 벤케이가 문 앞에서 전설적인 서서 죽음을 맞이하는 동안, 요시쓰네는 안으로 물러나 자결했다. 일본 역사상 가장 사랑받는 비극의 영웅의 생이 막을 내렸다.