서진 말기 사회의 대표적 유력 문벌인 낭야 왕씨 가문에서 태어났다. 촘촘한 친족 네트워크는 고위 관리와 훗날 동진 지도층으로 이어지는 인맥을 제공했고, 이는 그의 초기 정치적 시각을 형성했다.

서진 조정에서 관직에 들어가 행정과 군무를 두루 익혔다. 수도 뤄양의 권력 다툼과 사마씨 제후들의 경쟁은 그에게 파벌 갈등의 현실을 각인시켰고, 이는 훗날 그의 경력을 규정하는 요소가 되었다.

사마씨 제후들 사이의 내전이 터지자, 그는 급변하는 동맹과 무너지는 권위 속에서 유리한 길을 모색했다. 북중국 전역을 뒤덮은 폭력은 많은 유력자들에게 조정의 관직보다 지역 군사력이 생존을 보장한다는 인식을 굳혔다.

영가의 재난 속에서 뤄양이 함락되자 진 조정의 정통성은 크게 흔들렸고, 난민들은 남쪽으로 몰려들었다. 이 대재앙은 강력한 문벌과 지휘관들의 부상을 가속했으며, 왕씨 가문도 남방에서 지도력을 강화하게 되었다.

유력 가문들의 남하 흐름을 따라 내려가 낭야왕 사마예를 도와 장강 하류에서 권위를 재건하는 데 힘을 보탰다. 가문 인맥을 활용해 관료와 병력을 모집하며 지역 안정에 필요한 기반을 마련했다.

사마예가 지안캉에 새 조정을 세우자, 왕돈은 신생 동진의 핵심 군사 기둥으로 떠올랐다. 왕도 등 가문 지도자들이 관료 체계를 채워 가는 가운데, 그의 영향력도 함께 확대되었다.

사마예가 원제로 즉위하면서 황권과 기득권 귀족 가문 사이의 대립이 뚜렷해졌다. 군대와 여러 주를 장악한 왕돈은 조정이 자신의 군사력에 의존한다고 판단하며 점차 대립 의식을 키웠다.

장강 수로 요충의 전략적 지역에 주둔하며 충성도 높은 장교단을 구축하고 세수 기반을 확보했다. 강을 통한 수송과 요새를 장악함으로써, 겉으로는 왕조를 수호하는 듯 보이면서도 지안캉을 압박할 수 있었다.

경쟁하는 책사들과 황실 친족은 그의 자율성을 꺾기 위해 인사와 권한을 조정하며 확장되는 군권을 경계했다. 왕돈은 이를 위협으로 받아들였고, 궁지에 몰리면 무력으로 대응하겠다는 의중을 서신에서 드러냈다.

대군을 이끌고 수도를 향해 동진하며 요구 사항을 내걸고 부패한 측근을 숙청하겠다고 주장했다. 압도적인 군사력 앞에서 원제 정부는 굴복했고, 왕돈이 인사권을 좌우하는 현실이 분명해졌다.

지안캉에 들어선 뒤 반대파를 제거하고 측근을 핵심 부서와 군직에 배치했다. 이 사건으로 황제는 실권이 제한된 존재가 되었고, 왕씨 세력의 정책 지배력은 크게 강화되었다.

조정에 상주하기보다 우창으로 물러나 서신, 인사, 위압을 통해 정치를 좌우했다. 거리를 둠으로써 군대를 온전히 유지하고, 취약한 수도의 문관 행정에 대한 지렛대를 계속 확보할 수 있었다.

원제가 죽고 명제가 즉위하자, 새 황제는 권위를 회복하고 군벌의 지배를 줄이려 했다. 왕돈은 황제의 조치와 인사 선택을 직접적인 도전으로 받아들였고, 더 위험한 두 번째 충돌로 기울어 갔다.

다시 지안캉으로 향하는 원정을 준비하며 지휘관과 가문 동맹에 의존해 황실의 양보를 강요하려 했다. 조정은 자체 장수와 대응 계획으로 맞섰고, 그를 왕조의 존립을 위협하는 반역자로 규정했다.

대치가 전개되는 가운데 324년에 사망하면서 그의 움직임은 내부 다툼에 취약해졌다. 개인적 권위가 사라지자 조정과 충성파 지휘관들이 주도권을 되찾았고, 지안캉을 쥐고 있던 그의 세력은 약화되었다.

그의 죽음 이후 명제 정부는 잔존 충성파를 진압하고 지방 지휘권을 재조정했다. 이 위기는 동진 정치에 오래 남는 교훈이 되었는데, 지역 군대가 황제를 세우거나 무너뜨릴 수 있다는 사실을 분명히 보여 주었다.