Nasceu no clã Kiyowara. Seu pai Kiyowara no Motosuke era um famoso poeta e erudito, um dos compiladores da antologia Gosen Wakashū. Este ambiente literário lançou as bases para suas futuras criações.

Casou-se com o nobre Tachibana no Norimitsu. Este casamento terminou em divórcio, mas proporcionou-lhe uma primeira visão da vida na corte que se refletiria em suas obras posteriores.

Deu à luz um filho chamado Tachibana no Norinaga com Tachibana no Norimitsu, que mais tarde se tornou funcionário. Apesar do divórcio, a relação mãe-filho permaneceu importante em sua vida.

Começou a servir como dama da corte junto à imperatriz Teishi, esposa do imperador Ichijō. Esta posição deu-lhe acesso aos círculos mais refinados da cultura japonesa e às mentes mais brilhantes de seu tempo.

Tornou-se famosa por suas respostas perspicazes na corte. Em um incidente célebre, respondeu a um desafio de Fujiwara no Yukinari com um verso elegante, demonstrando seu excepcional talento literário e agilidade mental.

Começou a escrever sua obra-prima, O Livro de Travesseiro. Esta coleção única documenta a vida na corte através de listas, anedotas e observações pessoais, fundando o gênero japonês zuihitsu.

Tornou-se a figura central do salão literário da imperatriz Teishi. Este salão era um dos centros culturais mais brilhantes do período Heian, rival do círculo de Murasaki Shikibu junto à imperatriz Shōshi.

Fujiwara no Michinaga ascendeu ao poder e a família da imperatriz Teishi perdeu influência. Apesar das turbulências políticas, Sei Shōnagon permaneceu fielmente dedicada à sua senhora, o que se reflete em O Livro de Travesseiro.

Completou as partes principais de O Livro de Travesseiro. A obra começou a circular na corte, e suas observações perspicazes sobre as estações, as pessoas e a vida cotidiana foram amplamente aclamadas, estabelecendo sua reputação como a principal ensaísta de seu tempo.

Sua amada senhora a imperatriz Teishi morreu pouco após o parto, com apenas vinte e quatro anos. Este trágico evento encerrou os anos mais gloriosos de Sei Shōnagon na corte e constitui o pano de fundo das passagens mais comoventes de O Livro de Travesseiro.

Deixou a vida na corte após a morte da imperatriz Teishi. Pouco se sabe sobre sua vida posterior; possivelmente casou-se novamente ou retirou-se, mas continuou a revisar O Livro de Travesseiro.

Diz-se que se casou com Fujiwara no Muneyo, um funcionário provincial, e possivelmente o seguiu para sua jurisdição. Este período permanece pouco documentado, adicionando uma aura de mistério à sua vida.

O Livro de Travesseiro circulou amplamente na sociedade aristocrática e foi considerado um modelo de literatura em prosa. A obra exerceu profunda influência na literatura japonesa, estabelecendo o zuihitsu como forma literária independente.

Completou a revisão final de O Livro de Travesseiro. A obra completa compreende cerca de trezentas seções abrangendo as estações, cerimônias da corte, retratos de personagens e reflexões pessoais, tornando-se uma das obras em prosa mais importantes da literatura japonesa.

Existem poucos registros sobre seus últimos anos. Lendas falam de um final na pobreza, mas isso pode ser atribuição posterior. De qualquer forma, suas realizações literárias transcenderam o tempo.

Faleceu, data e local exatos desconhecidos. Seu Livro de Travesseiro perdurou por um milênio e figura ao lado de O Conto de Genji de Murasaki Shikibu como uma das duas grandes obras-primas da literatura Heian, influenciando incontáveis autores posteriores.