他以埃米利奥·法米·阿吉纳尔多之名出生，父母为卡洛斯·阿吉纳尔多与特立尼达·法米，家族在西班牙殖民统治下属于当地显赫的市镇家族。在考维特的成长经历使他很早接触地方治理、土地经营以及不断升温的反殖民紧张局势。

卡洛斯·阿吉纳尔多去世后，他离开正规学业，转而协助管理甲米地的家族事务。这段经历加深了他与地方精英的联系，也让他更清楚理解西班牙时代市镇权力结构的运作方式。

他成为考维特的市镇首长，获得行政权力并扩大在甲米地的影响力。该职位使他处于殖民税收、治安管理与地下改革及革命网络兴起的交汇点。

秘密革命组织起义后，革命浪潮扩散，他转而支持革命事业并在甲米地组织武装力量。他的地方领导力促使甲米地成为对抗西班牙驻军与教士势力的重要战场。

他率领部队在甲米地取得多次显著战果，其中包括围绕伊穆斯的战斗，提升了他在革命阵营中的声望。这些战役体现了战术协同能力，也加剧了关于领导权与战略方向的内部争论。

在特赫罗斯大会上，革命者在派系纷争中投票选他为新革命政府总统。备受争议的程序加深了他与安德烈斯·博尼法西奥之间的紧张关系，并重塑了运动的指挥结构。

在煽动叛乱等指控之后，安德烈斯·博尼法西奥被捕，由革命法庭审理，并在马拉贡东被处决。此事长期引发争议，围绕革命司法、权威来源以及阿吉纳尔多作为领袖的责任问题不断延烧。

他与总督费尔南多·普里莫·德里维拉达成比亚克纳巴托协定，同意流亡以换取改革承诺与赔款。阿吉纳尔多与核心领导人离境，战事暂缓，但猜疑与动荡并未消散。

流亡期间，他在香港组织革命委员会，筹集资金并采购武器。该团体密切关注马尼拉局势，并在西班牙在美西战争中地位动摇之际，为重启冲突做准备。

他从香港返回时，美国海军在乔治·杜威指挥下与西班牙在菲律宾作战。阿吉纳尔多重建军队、重新确立革命权威，并期待战胜西班牙后能够实现独立。

六月十二日，他在考维特的住所宣布独立，升起国旗，乐队奏响国歌。该宣言提出新的国家主张，但国际承认仍充满不确定。

马洛洛斯议会制定宪法后，他就任第一菲律宾共和国总统。政府试图通过制度建设、外交努力与正规军来获取合法性，但美国压力不断加剧。

马尼拉附近发生小规模冲突后，菲律宾军与美军之间的武装战争全面爆发，脆弱的谈判随之破裂。阿吉纳尔多领导政府对抗新的殖民力量，作战方式从阵地战逐渐转向机动抵抗。

美军将领弗雷德里克·芬斯顿利用马卡贝贝侦察兵的计谋在帕拉南将他捕获，终结其公开指挥活动。此后他宣誓效忠美国，并呼吁菲律宾人接受和平与文官统治。

他参加一九三五年邦联选举，但败于代表新政治秩序的曼努埃尔·奎松。该次竞选显示他仍具社会能见度，同时也反映政治重心转向制度化的政党政治。

日本占领期间，他公开呼吁民众与占领当局合作，这一立场后来被许多菲律宾人严厉评判。战后他因协作嫌疑被捕，但最终获得赦免。

总统迪奥斯达多·马卡帕加尔将官方独立日庆祝从七月四日改为六月十二日，以契合他在一八九八年的独立宣告。此举提升了他在国家记忆中的象征地位，尽管关于其抉择的争论仍未停息。

他去世前亲历西班牙统治、美国殖民、日本占领以及战后共和国，人生横跨多个重大时代，成为历史变迁的见证者与连接者。他的遗产依然复杂：因独立而受颂扬，也因革命时期的决策而备受争议。