他出生在教皇国境内的亚得里亚海沿岸城市马切拉塔的一个体面家庭。早年的教育为他日后严格的人文学习与耶稣会培育奠定基础，也与天主教改革时期的时代氛围相互交织。

少年时期，他在耶稣会办学环境中学习拉丁文、修辞与基督教教义，受反宗教改革的精神所塑造。严格的课程与近似戏剧化的辩论训练，锻炼了他日后在中国进行说服与交流的表达方式。

他前往罗马攻读法律，熟悉制度运作与形式化论证。罗马的生活让他接触到全球天主教传教事业，也见识到耶稣会以教育与科学为核心的知识传统。

利玛窦进入罗马学院加入耶稣会，立志以学术与使命为终身方向。修会的全球视野与严谨学风，使他更倾向以文化沟通与学术交往来展开工作，而非以对抗式的宣讲为主。

在罗马学院，他随克拉维乌斯学习数学与天文学，后者是格里历改革的重要学者之一。这段训练使他日后在重视历法科学与精密仪器的中国士大夫面前更具可信度。

耶稣会长上选派他参与海外使命，借助葡萄牙通往亚洲的航线连接澳门等地。他为远行做准备，并预期在异域更多依靠学术交流与思想对话来开展工作，而不只是牧灵事务。

他乘葡萄牙大帆船离开欧洲，历经绕行非洲抵达印度洋的艰辛航程。在果阿这一耶稣会重镇，他深化灵修训练，也逐渐认识到传教事业高度依赖语言能力与本地关系网络。

利玛窦在印度的葡属地区接受司铎圣秩，当地耶稣会学院为亚洲培养传教神职人员。晋铎使他的身份正式确立为传教与学术并重的司铎，肩负教学、辩论与代表天主教知识传统的职责。

他到达澳门这一葡萄牙在中国南部的据点，作为进入明代世界的门户。在此他开始学习口语与经典文献，并意识到识字能力与礼仪规范是深入内地、获得接触机会的关键。

他与罗明坚一同在广东肇庆获得居留许可，成为耶稣会在明代境内的早期立足点之一。他们向官员呈献钟表、地图与书籍，以赠礼与学问建立信任，为进一步交流打开局面。

他绘制中文世界地图，展示东亚之外的广阔世界，以新大陆与大洋挑战既有地理观念。地图在官员与士人间流传，使制图成为打开对话与开展外交式沟通的重要工具。

利玛窦从类僧服的装束转为儒者衣冠，以示对明代精英文化的尊重。这一做法后来被视为耶稣会在华的适应策略，旨在借助经典语汇讨论上帝与伦理，而非以冲突方式展开传播。

在富庶的长江下游地区，他结交重视数学、哲学与典雅文辞的士大夫。来自这些圈层的资助与引荐，使他的著作与影响力传播得比他亲自足迹所及更远。

他与徐光启等人就几何、天文与道德哲学展开讨论，将其视作共同的学术追求。这些友谊促成双语与跨文化的交流，使中国经典与欧洲科学得以并读互证。

多次尝试后，利玛窦终于抵达北京并获准留居，凭借机械钟等礼物引起宫廷人士的兴趣。他的立足使其能与官员保持长期接触，也为后来耶稣会在宫廷开展科学服务铺平道路。

他在北京刊行大型世界地图《坤舆万国全图》，将欧洲地理知识与中文说明结合。该图被广泛摹刻与讨论，重塑了许多士人对世界尺度与空间格局的想象。

他撰成《天主实义》，以儒家读者熟悉的术语与论证结构阐明独一造物主的观念。书中讨论礼仪、伦理与形上问题，成为早期中国基督信仰论辩中的核心文本之一。

利玛窦与徐光启合作翻译《几何原本》部分内容，将以严密证明为核心的几何学引入中文世界。译作帮助确立新的数学术语，并影响了清代以后的技术与学术研究传统。

他在中国近三十年后于北京去世，身边有教友与学术友人相伴。万历皇帝赐予其在北京安葬之地，这是外籍人士罕见的殊荣，也体现了官方对其学识与贡献的尊重。