出生于相当于今天千叶县的安房国小凑渔村的一个渔民家庭。他卑微的出身后来深刻影响了他挑战宗教权威的热情。

在当地寺院清澄寺开始佛教修行。在这里他第一次接触到法华经和佛教教义，开启了他毕生对宗教真理的探索。

在清澄寺正式剃度出家，法名善正房莲长。此后开始了寻找日本佛教真正教义的旅程。

前往当时日本的政治中心镰仓游学，研究各佛教宗派。他深入学习了禅宗、净土宗和密教等各派教义。

在天台宗本山比叡山延历寺修学。在此期间他深化了对法华经的理解，更加确信法华经是释迦牟尼的最高教义。

在清澄寺清净堂首次唱诵南无妙法莲华经，宣告唯有法华经才是通往真理的唯一道路。日莲宗由此创立，他也将自己改名为日莲（太阳的莲花）。

向前摄政北条时�的呈递《立正安国论》，主张灾难源于错误的佛教教义。他抨击净土宗并敦促幕府采纳法华经，但这反而成为他遭受迫害的导火索。

因触怒当局被流放到伊豆半岛。在恶劣环境中他仍坚持传法不辍，约两年后获赦返回镰仓。

遭净土宗信徒袭击，前额深受重伤，手臂骨折。随行的两名弟子当场殉难，日莲侥幸生还。

致函幕府警告外敌入侵迫在眉睫。同年蒙古忽必烈汗派使者要求日本臣服，印证了他的预言，他在追随者中的声望大增。

被幕府逮捕，在龙口刑场即将被处决。传说行刑前天空出现光球，惊吓了刽子手，处决因此中止。日莲视此为法华经的神护。

处决改为流放荒凉的佐渡岛，几乎命丧于此。然而在艰苦环境中，他完成了《开目抄》和《观心本尊抄》等最重要的著作。

结束约三年的佐渡流放返回镰仓。正值蒙古第一次入侵之年，幕府在危机中赦免了他。回来后他继续弘扬法华经信仰。

幕府拒绝采纳他的建议后，日莲隐居身延山。他在此度过余生，专注于培养弟子和著述，身延山后来成为日莲宗总本山。

因健康恶化离开身延山前往温泉疗养，但在池上病情加重圆寂。在弟子们的环绕下安详辞世，遗骸被安置在身延山。