대서양 연안의 요새화된 항구 브루아주에서 태어나 선원과 상인, 소금 상인들 사이에서 성장했다. 생통주의 해양 문화는 그의 초기 항해 기술과 언어 감각, 실용적인 선박 운용 능력을 길러 주었다.

젊은 시절 프랑스 종교전쟁 말기의 군사 원정에 참여했으며, 헨리 4세에 충성하는 왕당파 지휘관들 아래에서 복무했을 가능성이 크다. 이 경험은 요새화, 군수·수송, 그리고 규율 있는 보고 능력을 익히게 했고, 그는 이를 훗날 해외에서 활용했다.

스페인 원정대와 함께 카리브해와 신대륙의 일부 지역을 여행하며 항구, 방어 시설, 교역로를 관찰했다. 그의 상세한 기록은 훗날 보고서의 바탕이 되었고, 식민지 정보를 찾던 프랑스 후원자들에게 깊은 인상을 주었다.

프랑스로 돌아온 그는 스페인 식민지의 요새, 통치 방식, 방비 체계를 하나의 일관된 보고로 정리했다. 이 보고서는 신중한 관찰자로서의 명성을 높였고, 대서양 팽창에 관심 있는 관료들과의 연결을 넓혀 주었다.

프랑수아 그라베 뒤 퐁과 함께 세인트로런스 강으로 항해해 타두삭 인근에서 이누 지도자들을 만났다. 그는 강의 전략적 가치를 살피고, 내륙 접근을 좌우하는 외교와 교역의 역학을 기록했다.

피에르 뒤구아 드 몽의 지휘 아래 생트크루아 섬에 정착지를 세우며 유럽인들이 대서양의 혹독한 겨울을 견딜 수 있는지 시험했다. 질병과 괴혈병이 식민지를 초토화하자, 그는 더 나은 입지 선정과 보급 체계 설계를 고민하게 되었다.

참혹한 겨울 이후 프랑스인들은 포르루아얄로 옮겨 갔고, 그는 건물 설계와 식량 확보를 개선했다. 이 정착지는 탐사와 더불어 아카디아 지역의 미크마크 공동체와 관계를 맺는 보다 안정적인 거점이 되었다.

프랑스 궁정의 정치가 드 몽의 독점권을 약화시키면서 아카디아 사업은 축소될 수밖에 없었고, 많은 정착민이 귀국했다. 샹플랭은 이 좌절을 계기로 모피 교역로와 연결된 더 유리한 세인트로런스 거점을 주장했다.

그는 세인트로런스 강이 좁아지는 퀘벡의 지점을 선택해 강의 통행을 통제하고 신프랑스의 지속적인 거점을 마련했다. 소수의 인원으로 퀘벡 거주지를 세웠고, 엄격한 배급과 동맹에 의지해 생존을 도모했다.

웬닷과 알곤퀸 동맹과 함께 하우데노사우니에 맞서 남쪽으로 이동해 훗날 그의 이름을 딴 호수 근처에서 전투를 벌였다. 그의 화승총 사격은 상대를 충격에 빠뜨렸고, 적대감은 굳어져 수십 년의 변경 전쟁과 외교에 영향을 미쳤다.

그는 모피 공급과 프랑스인의 안전을 확보하려고 지역 국가들과 교역 및 군사 협력을 협상했다. 이러한 합의는 선물 교환, 상호 의무, 그리고 기존의 외교 네트워크에 프랑스가 참여하려는 의지에 달려 있었다.

그는 대호수로 향하는 길을 파악하고 원주민 안내자들의 보고를 확인하기 위해 오타와 강을 거슬러 올라갔다. 기대했던 최원지까지 도달하지는 못했지만, 그의 일지는 지리와 전략적 요충지를 더 명확히 드러내 프랑스의 계획에 도움을 주었다.

그는 웬다케로 가서 오논다가 요새에 대한 공격에 합류하며 프랑스 무기와 동맹군 협조의 한계를 체감했다. 전투에서 부상을 입은 뒤 웬닷의 환대 속에 겨울을 나며 그들의 정치와 생활상을 기록했다.

그는 왕권 아래 신프랑스의 행정을 이끄는 임무를 맡아 정착민, 교역, 요새화를 관리했다. 혹독한 기후와 빈약한 보급 속에서도 퀘벡의 방어를 개선하고 투자와 이주민을 끌어들이려 힘썼다.

전쟁이 격화되자 영국은 프랑스의 보급로와 대서양 식민지를 겨냥해 퀘벡의 생존을 위협했다. 샹플랭은 프랑스 왕실의 우선순위가 흔들리고 상인 세력이 경쟁하는 가운데 증원과 보급을 요구하며 위기를 넘기려 했다.

봉쇄와 극심한 물자 부족 끝에 그는 데이비드 커크와 그의 형제들이 이끄는 영국 사략선에 퀘벡을 넘겼다. 잉글랜드로 연행된 그는 유럽에서 이미 평화 협상이 진행 중이었으므로 이 점령은 정당하지 않다고 주장했다.

생제르맹앙레 조약으로 퀘벡이 프랑스에 반환되자 그는 돌아와 식민지의 행정과 교역을 재건했다. 그는 정착을 재계획하고 동맹을 강화하며 세인트로런스 일대의 프랑스 권리를 다시 주장했다.

그는 퀘벡과 몬트리올로 이어지는 경로 사이의 전략적 교역 거점으로 트루아리비에르 설립을 지지했다. 이 새로운 정착지는 모피 접근성을 높이고 경쟁과 지속되는 지역 분쟁 속에서 프랑스의 존재를 안정시키는 데 기여했다.

흔히 뇌졸중으로 묘사되는 병을 앓은 뒤 그는 퀘벡에서 사망했으며, 그곳은 그가 프랑스의 북아메리카에서 가장 지속적인 거점을 이끌어 온 장소였다. 그의 지도, 저술, 외교는 사후에도 신프랑스의 제도에 오랫동안 영향을 미쳤다.