出生於相當於今天千葉縣的安房國小湊漁村的一個漁民家庭。他卑微的出身後來深刻影響了他挑戰宗教權威的熱情。

在當地寺院清澄寺開始佛教修行。在這裡他第一次接觸到法華經和佛教教義，開啟了他畢生對宗教真理的探索。

在清澄寺正式剃度出家，法名善正房蓮長。此後開始了尋找日本佛教真正教義的旅程。

前往當時日本的政治中心鎌倉遊學，研究各佛教宗派。他深入學習了禪宗、淨土宗和密教等各派教義。

在天台宗本山比叡山延曆寺修學。在此期間他深化了對法華經的理解，更加確信法華經是釋迦牟尼的最高教義。

在清澄寺清淨堂首次唱誦南無妙法蓮華經，宣告唯有法華經才是通往真理的唯一道路。日蓮宗由此創立，他也將自己改名為日蓮（太陽的蓮花）。

向前攝政北條時賴呈遞《立正安國論》，主張災難源於錯誤的佛教教義。他抨擊淨土宗並敦促幕府採納法華經，但這反而成為他遭受迫害的導火線。

因觸怒當局被流放到伊豆半島。在惡劣環境中他仍堅持傳法不輟，約兩年後獲赦返回鎌倉。

遭淨土宗信徒襲擊，前額深受重傷，手臂骨折。隨行的兩名弟子當場殉難，日蓮僥倖生還。

致函幕府警告外敵入侵迫在眉睫。同年蒙古忽必烈汗派使者要求日本臣服，印證了他的預言，他在追隨者中的聲望大增。

被幕府逮捕，在龍口刑場即將被處決。傳說行刑前天空出現光球，驚嚇了劊子手，處決因此中止。日蓮視此為法華經的神護。

處決改為流放荒涼的佐渡島，幾乎命喪於此。然而在艱苦環境中，他完成了《開目抄》和《觀心本尊抄》等最重要的著作。

結束約三年的佐渡流放返回鎌倉。正值蒙古第一次入侵之年，幕府在危機中赦免了他。回來後他繼續弘揚法華經信仰。

幕府拒絕採納他的建議後，日蓮隱居身延山。他在此度過餘生，專注於培養弟子和著述，身延山後來成為日蓮宗總本山。

因健康惡化離開身延山前往溫泉療養，但在池上病情加重圓寂。在弟子們的環繞下安詳辭世，遺骸被安置在身延山。