他出生於車輪匠馬提亞斯·海頓與瑪麗亞·科勒之家，母親曾在哈拉赫伯爵府中任職。村落濃厚的民間音樂與天主教傳統，為他日後的旋律與節奏語感留下長久印記。

他搬到鄰近城鎮海恩堡，與校長兼合唱指揮約翰·馬提亞斯·弗蘭克同住。在那裡他學會歌唱、小提琴與基礎理論，但也經歷嚴格管教與清苦的生活環境。

聖史蒂芬主教座堂的樂長喬治·羅伊特將他帶到維也納，接受精英合唱訓練。大教堂的禮儀音樂與宮廷典禮，使他沉浸於哈布斯堡文化核心的專業音樂實務之中。

變聲後他被聖史蒂芬主教座堂解聘，立刻陷入經濟不安。他以授課、零工與作曲維生，將困境轉化為在維也納音樂市場中自我鍛造的嚴格學徒期。

他協助義大利作曲家尼可拉·波波拉擔任伴奏與侍從，獲得歌唱與作曲的實務訓練。海頓後來將「真正的基本功」歸功於波波拉，尤其在旋律、樂句與聲樂寫作方面。

他成為卡爾·約瑟夫·莫爾津伯爵的樂長，領導樂團並創作新的器樂作品。為莫爾津所寫的早期交響曲，幫助他打磨管弦樂形式，並在維也納自由接案圈之外建立名聲。

他與瑪麗亞·安娜·凱勒結婚，她是他曾一度希望迎娶之人的姊妹；這段婚姻不幸福且未育。彼此不合使他更傾向以工作作為避風港，進一步加深對作曲與宮廷職責的投入。

他在保羅·安東親王與資深樂長格雷戈爾·韋爾納麾下，加入富有的埃斯特哈齊家族。此職務帶來穩定收入、駐家樂團與持續的演出需求，迫使他迅速成長並不斷試驗新法。

韋爾納逝世後，他在偏好奢華宮廷娛樂的尼可勞斯·埃斯特哈齊親王麾下掌握完整音樂權責。他創作歌劇、交響曲、室內樂與宗教作品，實質上運作著一座重要的音樂機構。

第四十五號交響曲《告別》以樂手逐一離場收束，暗示樂團希望從埃斯特哈扎返家。此舉將機智與外交手腕合而為一，展現他如何以音樂戲劇性在貴族權力結構中周旋。

他的第三十三號弦樂四重奏被宣傳為以「全然嶄新而特別的方式」寫成，強調對話式的織體與出人意表的驚喜。它們成為歐洲室內樂的典範，並影響年輕作曲家對形式的思考。

在維也納，海頓與沃夫岡·阿瑪德烏斯·莫札特一同演奏室內樂，並互相表達藝術敬意。莫札特將六首「海頓」四重奏題獻給他，而海頓也以少見的熱情向莫札特之父公開稱讚其天才。

尼可勞斯親王逝世後，繼任者縮減宮廷音樂編制，使海頓得以自由旅行。經紀人約翰·彼得·薩洛蒙邀請他前往倫敦，開啟收益豐厚的國際篇章並面向更廣大的公眾聽眾。

在倫敦，他於漢諾威廣場樂廳指揮音樂會，成為英國贊助者與評論家眼中的名人。蓬勃的音樂會市場獎勵大膽的管弦樂寫作，他也開始創作後來被歸為「倫敦」系列的交響曲。

牛津大學授予他音樂博士學位，以表彰他對歐洲音樂生活的深遠影響。此一榮譽反映出他的交響曲與室內樂早已成為公共音樂會文化的核心，遠遠超越貴族宮廷。

重返英格蘭後，他獲得優渥酬勞與熱烈聽眾，同時創作出最宏偉的管弦樂作品之一。這段經驗強化了他對戲劇張力與規模感的掌握，最終形成為大型公共樂廳量身打造的交響曲。

他為法蘭茲二世皇帝創作《天佑皇帝》，在革命動盪中使音樂與哈布斯堡的愛國情緒相互呼應。其旋律後來成為一首重要歌曲的曲調，因而在政治層面延續了長久的生命。

受英格蘭大型合唱傳統啟發，他首演《創世紀》並在維也納貴族與大眾間獲得高度讚譽。作品以宏偉合唱與生動的文字描繪，確立他在大規模宗教戲劇領域的大師地位。

他的清唱劇《四季》以一首詩作為基礎，將田園題材擴展為複雜的音樂敘事。約在此時他的健康與體力開始下滑，逐步限制了他維持早年創作強度的能力。

他在法軍占領維也納之際離世，與一位被視為舊帝國秩序象徵的作曲家身分形成鮮明對照。仰慕者尊他為古典風格的奠基者之一，而他的音樂仍持續塑造歐洲各地的音樂會生活。